La temporada 1999-2000 del FC Bayern Munich fue la temporada número 100 en la historia del club. El FC Bayern Munich consiguió su segundo título de liga consecutivo, su tercer campeonato consecutivo de la DFB-Ligapokal y la DFB-Pokal 1999-2000 .
Gasto total: 
16.550.000€
Ingresos totales: 
3.450.000€
La temporada 1999-2000 de la Bundesliga comenzó el 14 de agosto, cuando el Bayern jugó el partido inaugural de la temporada contra el Hamburgo .
