El Campeonato Brasileiro Série B 2006 , es decir, la segunda división de la Liga brasileña, fue disputado por 20 equipos. El torneo comenzó en abril de 2006 y terminó el 25 de noviembre de 2006. Los 20 equipos jugaron partidos de ida y vuelta entre sí y, al final del año, los cuatro mejores clasificados ascendieron a la primera división y los cuatro peor clasificados descendieron a la tercera división .
