La loganina es uno de los glicósidos iridoides más conocidos . Recibe su nombre de la familia Loganiaceae , ya que se aisló por primera vez de las semillas de un miembro de esa familia de plantas, concretamente las de Strychnos nux-vomica . También se encuentra en Alstonia boonei ( Apocynaceae ), [1] un árbol medicinal de África occidental y en el arbusto medicinal/ enteógeno Desfontainia spinosa ( Columelliaceae ) nativo de América Central y América del Sur .
La loganina se forma a partir del ácido loganico por acción de la enzima ácido loganico O-metiltransferasa (LAMT). Luego, la loganina se convierte en un sustrato para la enzima secologanina sintasa (SLS) para formar secologanina, un monoterpeno secoiridoide que se encuentra como parte de la ipecacuana y de los alcaloides terpénicos indólicos .