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Corismato mutasa

En enzimología , corismato mutasa ( EC 5.4.99.5) es una enzima que cataliza la reacción química para la conversión de corismato en prefenato en la vía de producción de fenilalanina y tirosina , también conocida como vía shikimato . Por lo tanto, esta enzima tiene un sustrato , corismato , y un producto , prefenato . La corismato mutasa se encuentra en un punto de ramificación de la vía. La enzima canaliza el sustrato, corismato para la biosíntesis de tirosina y fenilalanina y lo aleja del triptófano . [1] Su papel en el mantenimiento del equilibrio de estos aminoácidos aromáticos en la célula es vital. [2] Este es el único ejemplo conocido de una enzima natural que cataliza una reacción pericíclica . [2] [nb 1] La corismato mutasa solo se encuentra en hongos, bacterias y plantas superiores. Algunas variedades de esta proteína pueden utilizar el modelo de regulación alostérica de la morfeína . [4]

familia de proteínas

corismato mutasa
Corismato mutasa . Representado desde PDB 2CHS.

Esta enzima pertenece a la familia de las isomerasas , concretamente aquellas transferasas intramoleculares que transfieren grupos funcionales. El nombre sistemático de esta clase de enzimas es corismato piruvatemutasa . La corismato mutasa, también conocida como hidroxifenilpiruvato sintasa , participa en la biosíntesis de fenilalanina, tirosina y triptófano. [1] Las estructuras de las corismato mutasas varían en diferentes organismos, pero la mayoría pertenece a la familia AroQ y se caracterizan por un homodímero entrelazado de subunidades de 3 hélices. La mayoría de las mutasas corismato de esta familia son similares a las de Escherichia coli . Por ejemplo, la estructura secundaria de la corismato mutasa de la levadura es muy similar a la de E. coli . La corimato mutasa de la familia AroQ es más común en la naturaleza y está ampliamente distribuida entre los procariotas. [1] Para un funcionamiento óptimo, normalmente deben ir acompañados de otra enzima como la prefenato deshidrogenasa. Estas corismato mutasas son típicamente enzimas bifuncionales, lo que significa que contienen dos capacidades catalíticas en la misma cadena polipeptídica. [1] Sin embargo, la corismato mutasa de los organismos eucariotas es más comúnmente monofuncional. Hay organismos como Bacillus subtilis cuya corismato mutasa tiene una estructura completamente diferente y es monofuncional. Estas enzimas pertenecen a la familia AroH y se caracterizan por una topología de barril trimérica α/β. [5]

Mecanismo de catálisis

La conversión de corismato en prefenato es el primer paso comprometido en el camino hacia la producción de aminoácidos aromáticos : tirosina y fenilalanina. La presencia de corismato mutasa aumenta la velocidad de la reacción un millón de veces. [6] En ausencia de catálisis enzimática, este mecanismo se desarrolla como un paso concertado, pero asincrónico, y es un proceso exergónico . El mecanismo para esta transformación es formalmente un reordenamiento de Claisen , respaldado por los datos cinéticos e isotópicos informados por Knowles, et al. [7]

Reacción catalizada por corismato mutasa.

E. coli y la corismato mutasa de levadura tienen una homología de secuencia limitada, pero sus sitios activos contienen residuos similares. El sitio activo de la corismato mutasa de levadura contiene Arg16, Arg157, Thr242, Glu246, Glu198, Asn194 y Lys168. El sitio activo de E. coli contiene los mismos residuos con la excepción de estos intercambios señalados: Asp48 por Asn194, Gln88 por Glu248 y Ser84 por Thr242. En el sitio activo de la enzima, las interacciones entre estos residuos específicos y el sustrato restringen los grados de libertad conformacionales, de modo que la entropía de activación se reduce efectivamente a cero y, por lo tanto, promueve la catálisis. Como resultado, no existe un estado intermedio formal, sino más bien un estado de transición pseudodiaxial similar a una silla . La evidencia de esta conformación la proporciona un efecto isotópico cinético secundario inverso en el carbono directamente unido al grupo hidroxilo. [6] Esta disposición aparentemente desfavorable se logra a través de una serie de interacciones electrostáticas, que hacen girar la cadena extendida de corismato en la conformación requerida para este mecanismo concertado.

"Análogo del estado de transición en el sitio activo de corismato mutasa de S. cerevisiae" .

Un factor estabilizador adicional en este complejo enzima-sustrato es el enlace de hidrógeno entre el par solitario de oxígeno en el sistema de éter vinílico y los residuos donantes del enlace de hidrógeno. Esto no sólo estabiliza el complejo, sino que la interrupción de la resonancia dentro del éter vinílico desestabiliza el estado fundamental y reduce la barrera energética para esta transformación. Una visión alternativa es que la estabilización electrostática del estado de transición polarizado es de gran importancia en esta reacción. En el sitio activo de la corismato mutasa, el análogo del estado de transición se estabiliza mediante 12 interacciones electrostáticas y de enlaces de hidrógeno. [8] Esto se muestra en mutantes de la enzima nativa en los que Arg90 se reemplaza con citrulina para demostrar la importancia de los enlaces de hidrógeno para estabilizar el estado de transición. [9] Otro trabajo que utilizó corismato mutasa de Bacillus subtilis mostró evidencia de que cuando un catión se colocaba adecuadamente en el sitio activo, las interacciones electrostáticas entre él y el estado de transición cargado negativamente promovían la catálisis. [2]

Se han realizado estudios adicionales para respaldar la relevancia de un confórmero de ataque cercano (NAC) en la reacción catalizada por corismato mutasa. Esta NAC es la conformación reactiva del estado fundamental que se convierte directamente al estado de transición en la enzima. Utilizando métodos de integración termodinámica (TI), se calcularon las energías libres estándar (ΔG N ° ) para la formación de NAC en seis entornos diferentes. Los datos obtenidos sugieren que la catálisis eficaz se deriva de la estabilización tanto del NAC como del estado de transición. [10] Sin embargo, otra evidencia experimental respalda que el efecto NAC observado es simplemente el resultado de la estabilización del estado de transición electrostática. [11] [12]

En general, se han realizado extensos estudios sobre el mecanismo exacto de esta reacción. Sin embargo, la contribución relativa de la restricción conformacional del sustrato flexible, los enlaces de hidrógeno específicos al estado de transición y las interacciones electrostáticas a la mejora de la velocidad observada aún está en discusión.

Notas

  1. ^ Se ha propuesto que la dimetilaliltriptófano sintasa catalice un reordenamiento de Cope , pero esto aún no se ha demostrado definitivamente [3]

Referencias

  1. ^ abcd Qamra R, Prakash P, Aruna B, Hasnain SE, Mande SC (junio de 2006). "La estructura cristalina 2.15 A de la corismato mutasa de Mycobacterium tuberculosis revela una duplicación genética inesperada y sugiere un papel en las interacciones huésped-patógeno". Bioquímica . 45 (23): 6997–7005. doi :10.1021/bi0606445. PMID  16752890.
  2. ^ abc Kast P, Grisostomi C, Chen IA, Li S, Krengel U, Xue Y, Hilvert D (noviembre de 2000). "Un catión estratégicamente ubicado es crucial para una catálisis eficiente por la corismato mutasa". La Revista de Química Biológica . 275 (47): 36832–8. doi : 10.1074/jbc.M006351200 . PMID  10960481.
  3. ^ Luk LY, Qian Q, Tanner ME (agosto de 2011). "¿Un reordenamiento de cope en la reacción catalizada por la dimetilaliltriptófano sintasa?". Revista de la Sociedad Química Estadounidense . 133 (32): 12342–5. doi :10.1021/ja2034969. PMID  21766851.
  4. ^ Selwood T, Jaffe EK (marzo de 2012). "Homooligómeros de disociación dinámica y control de la función proteica". Archivos de Bioquímica y Biofísica . 519 (2): 131–43. doi :10.1016/j.abb.2011.11.020. PMC 3298769 . PMID  22182754. 
  5. ^ Babú M (1999). "Anotación de corismato mutasa del genoma de Mycobacterium tuberculosis y Mycobacterium leprae" (PDF). Tesis de Pregrado para el Centro de Biotecnología .
  6. ^ ab Lee AY, Stewart JD, Clardy J, Ganem B (abril de 1995). "Nuevos conocimientos sobre el mecanismo catalítico de las corismato mutasas a partir de estudios estructurales". Química y Biología . 2 (4): 195–203. doi : 10.1016/1074-5521(95)90269-4 . PMID  9383421.
  7. ^ Gray JV, Knowles JR (agosto de 1994). "Corismato mutasa monofuncional de Bacillus subtilis: estudios FTIR y el mecanismo de acción de la enzima". Bioquímica . 33 (33): 9953–9. doi :10.1021/bi00199a018. PMID  8061004.
  8. ^ Grisham C (2017). Bioquímica 6ª Edición . Estados Unidos de América: Brooks/Cole - Cengage Learning. pag. 505.ISBN 978-1133106296.
  9. ^ Kienhöfer A, Kast P, Hilvert D (marzo de 2003). "Estabilización selectiva del estado de transición de corismato mutasa mediante un donante de enlace de hidrógeno cargado positivamente" . Revista de la Sociedad Química Estadounidense . 125 (11): 3206–7. doi :10.1021/ja0341992. PMID  12630863.
  10. ^ Hur S, Bruice TC (octubre de 2003). "El enfoque de conformación de casi ataque para el estudio de la reacción de corismado a prefenato". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 100 (21): 12015–20. doi : 10.1073/pnas.1534873100 . PMC 218705 . PMID  14523243. 
  11. ^ Strajbl M, Shurki A, Kato M, Warshel A (agosto de 2003). "El efecto aparente de NAC en la corismato mutasa refleja la estabilización del estado de transición electrostática". Revista de la Sociedad Química Estadounidense . 125 (34): 10228–37. doi :10.1021/ja0356481. PMID  12926945.
  12. ^ Burschowsky D, van Eerde A, Ökvist M, Kienhöfer A, Kast P, Hilvert D, Krengel U (diciembre de 2014). "La estabilización del estado de transición electrostática en lugar de la desestabilización del reactivo proporciona la base química para una catálisis eficiente de corismato mutasa". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 111 (49): 17516-21. Código Bib : 2014PNAS..11117516B. doi : 10.1073/pnas.1408512111 . PMC 4267393 . PMID  25422475.