La temporada 1998-99 de la Tercera División de Chipre fue la 28.ª temporada de la liga de fútbol de tercer nivel de Chipre . El Chalkanoras Idaliou ganó su primer título.
En la temporada 1998-99 participaron catorce equipos de la Tercera División de Chipre. Todos los equipos se enfrentaron entre sí dos veces, una en casa y otra fuera. El equipo con más puntos al final de la temporada se coronó campeón. Los tres primeros equipos ascendieron a la Segunda División de Chipre 1999-2000 y los tres últimos descendieron a la Cuarta División de Chipre 1999-2000 .
Los equipos recibieron tres puntos por una victoria, un punto por un empate y cero puntos por una derrota.
Equipos ascendidos a la Segunda División de Chipre 1998-99
Equipos descendidos de la Segunda División de Chipre 1997-98
Equipos ascendidos de la Cuarta División de Chipre en 1997-98
Equipos descendidos a la Cuarta División de Chipre 1998-99