La Tercera División de Chipre 1988-89 fue la temporada número 18 de la liga de fútbol de tercer nivel de Chipre . El Digenis Akritas Ipsona ganó su segundo título.
En la Tercera División de Chipre 1988-89 participaron catorce equipos. Todos los equipos se enfrentaron entre sí dos veces, una en casa y otra fuera. El equipo con más puntos al final de la temporada se coronó campeón. Los dos primeros equipos ascendieron a la Segunda División de Chipre 1989-90 . Los tres últimos equipos descendieron a la Cuarta División de Chipre 1989-90 .
Los equipos recibieron dos puntos por una victoria, un punto por un empate y cero puntos por una derrota.