La Serie C2 2006-07 fue la temporada de la liga de fútbol de la Serie C2 italiana para los años 2006 y 2007. Se dividió en dos fases: la temporada regular , jugada del 3 de septiembre de 2006 al 13 de mayo de 2007 y la fase de playoffs. Una vez terminada la temporada regular, los equipos ubicados del 2.º al 5.º lugar participaron en un playoff para determinar el segundo equipo en cada división que ascendería a la Serie C1. Al mismo tiempo, los equipos ubicados del 14.º al 17.º lugar participaron en un playoff por el derecho a permanecer en la Serie C2 la temporada siguiente.
Los equipos que terminaron primeros en la temporada regular, más un equipo que ganó la ronda de playoffs de cada división ascendieron a la Serie C1 ; los equipos que terminaron últimos en la temporada regular, más dos perdedores de los playoffs de descenso de cada división descendieron a la Serie D. En total, seis equipos ascendieron a la Serie C1 y nueve equipos descendieron a la Serie D.
Los equipos que descienden a la Serie D también pierden el derecho a mantener su estatus profesional.