El Campeonato Brasileiro Série C 1999 , tercera categoría de la Liga Nacional de Fútbol de Brasil, se disputó del 27 de agosto al 23 de diciembre de 1999. La competición contó con 36 clubes y dos de ellos ascendieron a la Série B.
El Fluminense terminó la fase final de grupo con más puntos y se proclamó campeón de la Serie C brasileña de 1999, logrando el ascenso a la Serie B de 2000 junto con el São Raimundo , subcampeón. Sin embargo, con la creación de la Copa João Havelange , el Fluminense ascendió directamente al equivalente de la Serie A, el Grupo Azul , mientras que cinco cuartofinalistas (Serra, Náutico, Figueirense, Caxias y Americano), junto con Brasil de Pelotas, Villa Nova (llegó a la segunda fase), Bangu, Fortaleza, Anapolina y CSA (eliminados en la primera fase) ascendieron al Grupo Amarillo .