El Campeonato Brasileiro Série B 1999 , el segundo nivel de la Liga Nacional de Brasil, se disputó del 1 de agosto al 12 de diciembre de 1999. La competición contó con 22 clubes y dos de ellos ascendieron a la Série A y seis descendieron a la Série C. La competición fue ganada por Goiás .
Goiás terminó el grupo de la fase final con la mayor cantidad de puntos, y fue declarado campeón de la Serie B brasileña de 1999 , logrando el ascenso a la Serie A de 2000 junto con Santa Cruz , el subcampeón. Los seis equipos peor clasificados en la primera ronda ( União São João , Criciúma , Paysandu , América-RN , Tuna Luso y Desportiva ) serían relegados para jugar la Serie C en 2000. Sin embargo, con la debacle que resultó en la creación de la Copa João Havelange en 2000, Bahía (tercer clasificado) y América-MG (sexto clasificado) ascendieron a la Serie A , y de los equipos originalmente relegados, solo Tuna Luso jugó en realidad el Grupo Verde y Blanco , el equivalente a la Serie C, con los otros cinco equipos relegados jugando el Grupo Amarillo . Para 2001, todos los equipos participantes en la Série B de 1999, con excepción de Goiás, São Caetano, América-MG, Bahia y Santa Cruz fueron incluidos en la Série B de ese año.