La temporada 1999-2000 de la Primera División de Chipre fue la 61.ª temporada de la máxima categoría del fútbol chipriota . El Anorthosis ganó su undécimo título.
En la temporada 1999-2000 participaron catorce equipos de la Primera División de Chipre. Todos los equipos se enfrentaron entre sí dos veces, una en casa y otra fuera. El equipo con más puntos al final de la temporada se coronó campeón. Los tres últimos equipos descendieron a la Segunda División de Chipre 2000-01 .
Los campeones aseguraron su participación en la Liga de Campeones de la UEFA 2000-01 y el subcampeonato en la Copa de la UEFA 2000-01 .
Los equipos tenían que manifestar su interés en participar en la Copa Intertoto de la UEFA de 2000 antes de que finalizara el campeonato. Al final del campeonato, el equipo mejor clasificado entre los interesados participaba en la Copa Intertoto (si no había conseguido su participación en ninguna otra competición de la UEFA).
Los equipos recibieron tres puntos por una victoria, un punto por un empate y cero puntos por una derrota.
Evagoras Paphos , Doxa Katokopia y Aris Limassol descendieron de la temporada anterior y jugaron en la Segunda División chipriota 1999-2000 . Fueron reemplazados por los tres primeros equipos de la Segunda División chipriota 1998-99 , Anagennisi Deryneia , Ethnikos Assia y APOP Paphos .
