La Misión Santa Rosalía de Mulegé está ubicada en el oasis de Mulegé , en el Municipio de Mulegé , al noreste del estado de Baja California Sur , México. Es un Monumento del Patrimonio Cultural catalogado por el Instituto Nacional de Antropología e Historia .
La misión lleva el nombre tanto de Santa Rosalía como del asentamiento indígena Cochimí de Mulegé .
La misión fue fundada en 1705 por el misionero jesuita Juan Manuel de Basaldúa y financiada por el Marqués de Villapuente en una ranchería del pueblo local Cochimí conocida como Mulegé , en el este de la Península de Baja California , en el Virreinato de Nueva España . El sitio se encuentra cerca de la entrada de la Bahía de Concepción , en la costa del Golfo de California .
Un huracán en 1717 devastó los campos agrícolas que sustentaban el asentamiento original.
La construcción de una iglesia de piedra se inició en 1766. En 1768, cuando los franciscanos asumieron la responsabilidad de la Baja California colonial de manos de los jesuitas, se informó que todavía había unos 300 neófitos cochimíes retenidos en Mulegé. Sin embargo, en 1770, la misión estaba prácticamente desierta. Los dominicos , que sucedieron a los franciscanos en Baja en 1773, comenzaron la reconstrucción, pero la población seguía siendo inferior a 100 habitantes.
La misión dejó de funcionar en 1828. Los edificios actuales de la iglesia han sido ampliamente restaurados.
