La Misión San José de Comondú fue una de las misiones jesuitas establecidas a principios del siglo XVIII en Baja California Sur , México, al oeste de Loreto en un arroyo que desemboca en la costa del Pacífico. A lo largo de su existencia, la misión fue reubicada dos veces.
La misión lleva el nombre de San José y del asentamiento indígena Cochimí de Comondú.
"Comondú Viejo" fue fundado en 1709 por el misionero Julián de Mayorga y financiado por el Marqués de Villapuente de la Peña y su esposa la Marquesa de las Torres de Rada. La ubicación resultó menos que ideal como asentamiento agrícola. Una epidemia de viruela en 1710 mató a la mitad de los neófitos de la misión. La misión fue trasladada a su segundo sitio en 1736, y Comondú Viejo se convirtió en una visita o estación misionera subordinada. Sobreviven los cimientos de la capilla y partes de un sistema de riego.
La nueva ubicación de Comondú se ubicó a unos 50 kilómetros al suroeste, en lo que antes había sido la visita de San Miguel. Esta ubicación volvió a ser reducida al estado de visita en 1737, aunque sobreviven muchos restos estructurales de la misión.
La ubicación final de la misión fue a unos 3 kilómetros río arriba de San Miguel. Se construyeron las primeras estructuras de adobe y, a partir de 1750, un gran edificio de piedra. Sin embargo, la población de neófitos disminuyó de más de 300 en 1740 a 80 en 1768 y 28 en 1800. La misión dejó de funcionar en 1827. Sobrevivieron importantes restos arquitectónicos hasta el siglo XX, pero los edificios existentes han sido ampliamente renovados.
Se cuenta que un gobernador ordenó demoler los restos de la misión con dinamita en 1930 para aprovechar la piedra resultante de las ruinas y construir una escuela. Es notable, ya que la piedra abunda en la región.
