En la temporada 2012-13 de la Liga Alef, Hapoel Afula (campeón de la División Norte) y Hapoel Katamon (campeón de la División Sur) ganaron el título y ascendieron a la Liga Leumit . Beitar Kfar Saba ganó los play-offs de ascenso y se enfrentó a Beitar Tel Aviv Ramla de la Liga Leumit y perdió 2-4 en el global y, por lo tanto, permaneció en la Liga Alef .
En la parte inferior, los dos últimos clubes de cada división, Hapoel Kafr Kanna , Maccabi Sektzia Ma'alot-Tarshiha (de la división Norte), Maccabi Ironi Kfar Yona y Ortodoxim Lod descendieron automáticamente a la Liga Bet , mientras que los dos clubes que ocupaban el puesto 14 en cada división, Maccabi Kafr Kanna y Hapoel Arad, entraron en un play-off de ascenso/descenso, prevaleciendo Maccabi Kafr Kanna para permanecer en la Liga Alef, mientras que Hapoel Arad descendió después de perder los play-offs.
Los clubes que ocuparon el segundo y tercer lugar jugaron un partido individual en casa contra los clubes que ocuparon el cuarto y quinto lugar en sus respectivas divisiones regionales.
Hapoel Migdal HaEmek y Hapoel Herzliya (de la división Norte) y Hapoel Azor y Beitar Kfar Saba (de la división Sur) avanzaron a la segunda ronda.
Los ganadores de la primera ronda jugaron un partido individual en casa del club mejor clasificado (de cada división regional).
Hapoel Migdal HaEmek y Beitar Kfar Saba avanzaron a la tercera ronda.
Hapoel Migdal HaEmek y Beitar Kfar Saba se enfrentaron en un partido único en sede neutral. El ganador avanzó a la cuarta ronda contra el club que ocupa el puesto 14 en la Liga Leumit.
Beitar Kfar Saba avanzó a la cuarta ronda.
El Beitar Kfar Saba se enfrentó al Beitar Tel Aviv Ramla, que ocupaba el puesto 14 de la Liga Leumit 2012-13 . El ganador en el global se aseguró un lugar en la Liga Leumit 2013-14 . Los partidos se llevaron a cabo el 24 y el 28 de mayo de 2013.
Beitar Tel Aviv Ramla ganó 4-2 en el global y permaneció en la Liga Leumit. Beitar Kfar Saba permaneció en la Liga Alef.
El club ubicado en el puesto 14 de la Liga Alef Norte, Maccabi Kafr Kanna, se enfrentó al ganador de los play-offs de la Liga Bet, Hapoel Iksal. El ganador obtuvo un lugar en la Liga Alef 2013-14 .
El Maccabi Kafr Kanna permaneció en la Liga Alef.
El club ubicado en el puesto 14 de la Liga Alef Sur, Hapoel Arad, se enfrentó al ganador de los play-offs de la Liga Bet, FC Kafr Qasim. El ganador obtuvo un lugar en la Liga Alef 2013-14 .
Hapoel Arad desciende a la Liga Bet.