La iglesia de Santa Gertrudis ( en lituano : Šv. Gertrūdos bažnyčia ) se encuentra en el casco antiguo de Kaunas y es una de las iglesias y edificios de arquitectura gótica de ladrillo más antiguos de Lituania . Ubicada justo al lado de Laisvės alėja (Avenida de la Libertad), la iglesia está algo escondida y se puede acceder a ella desde Laisves aleja a través de una puerta en un hotel que se encuentra cerca del edificio del Tribunal en Laisves alėja.
Se desconoce la fecha exacta de construcción de la iglesia, pero debe haber sido a finales del siglo XV o principios del siglo XVI. [1] Fue construida como capilla en el cementerio, en el lugar del antiguo cementerio, cerca de la frontera de la ciudad, cerca de la carretera que conduce a Vilna. En 1503, el Gran Duque de Lituania y Rey de Polonia, Alejandro, designó la iglesia como iglesia parroquial de Kaunas. A mediados del siglo XVI se le añadió un campanario. La iglesia sufrió daños en 1655 durante la guerra ruso-polaca (1654-1667) . No se reconstruyó hasta alrededor de 1680. Alrededor de 1750 se añadió a la iglesia un hospital de madera. En 1782, estuvo abandonada durante mucho tiempo y en ese momento residían allí cinco monjes de la orden de San Roque . En 1796, se renovó la iglesia, se instalaron órganos y se establecieron las viviendas de un párroco . La iglesia fue consagrada en 1794.
En 1812 Kaunas sufrió un gran incendio que dañó también la iglesia. El hospital fue abandonado y en 1824 pasó a manos de la orden hermana de Cáritas. El monasterio se cerró en 1864 tras el Levantamiento de Enero . El antiguo hospital fue demolido en 1880. En 1921 la iglesia pasó a manos de la Congregación de los Padres Marianos y se construyó un monasterio cerca de allí. En 1920 la iglesia fue revestida con pintura. En 1992 se llevó a cabo una renovación integral de la iglesia y del monasterio. Desde 1991 se vuelve a celebrar la misa en la iglesia y el monasterio de los Marianistas ha sido devuelto a los monjes.