En 2002, debido a disputas con la Asociación de Ligas Portuguesas, la Federación se negó a considerar al Campeón de Liga como Campeón Nacional. Entonces, la Federación Portuguesa de Balonmano reformuló las competiciones, creando la Divisão de Elite y considerando al campeón, Campeón Nacional, a pesar de ser la segunda liga de balonmano en Portugal. Los peores son relegados a la Segunda División Portuguesa de Balonmano (rebautizada en ese período como Primera División). Los equipos solo podían acceder a la Liga Portuguesa de Balonmano por candidatura, porque la LPA era una liga cerrada.
Los mejores y más importantes equipos de balonmano portugueses compiten en la Liga portuguesa con excepción del Sporting CP que compite en la Divisão de Elite
Al final de la temporada 2005-2006, con el fin de la disputa entre Liga y Federación, se extinguió la Divisão de Elite .