La temporada 2006-2007 de la Cuarta División de Chipre fue la 22.ª temporada de la liga de fútbol de cuarta categoría de Chipre . El Spartakos Kitiou ganó su primer título.
En la temporada 2006-07 participaron catorce equipos de la Cuarta División de Chipre. Todos los equipos se enfrentaron entre sí dos veces, una en casa y otra fuera. El equipo con más puntos al final de la temporada se coronó campeón. Los tres primeros equipos ascendieron a la Tercera División de Chipre 2007-08 y los tres últimos descendieron a ligas regionales.
Los equipos recibieron tres puntos por una victoria, un punto por un empate y cero puntos por una derrota.
Equipos ascendidos a la Tercera División de Chipre 2006-07
Equipos descendidos de la Tercera División de Chipre 2005-06
Equipos ascendidos de ligas regionales
1 AMEP Parekklisia (después de su promoción) se fusionó con ATE PEK Parekklisia para formar Enosis Neon Parekklisia
Equipos relegados a ligas regionales