La Copa de Fútbol de Bosnia y Herzegovina 2006-07 fue la decimotercera temporada de la copa anual de fútbol de Bosnia y Herzegovina y la séptima temporada de la competición unificada. La competición comenzó el 20 de septiembre de 2006 con la primera ronda y concluyó el 26 de mayo de 2007 con la final.
En la primera ronda participaron 32 equipos. Los partidos se jugaron los días 20 y 21 de septiembre de 2006.
A esta ronda acceden los 16 ganadores de la ronda anterior. Los partidos de ida se jugaron el 17 y 18 de octubre y los de vuelta el 25 de octubre de 2006.
A esta ronda acceden los ocho ganadores de la ronda anterior. Los partidos de ida se jugaron el 8 y el 15 de noviembre y los de vuelta el 22 de noviembre de 2006.
Los cuatro ganadores de la ronda anterior pasan a esta ronda. Los partidos de ida se jugarán el 11 de abril y los de vuelta el 25 de abril de 2007.
Široki Brijeg ganó 2-1 en el global.