La Copa Presidente 1999-2000 es la primera edición del torneo de fútbol Copa El Salvador .
Los nueve ganadores de grupo y los tres mejores segundos clasificados de la fase de grupos se clasifican para la fase final.
Los tres ganadores de grupo y el mejor segundo clasificado de la fase de grupos de cuartos de final se clasifican para la semifinal [1].
[2] Águila {{centro|3-2| Firpo