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Kinome

En biología molecular , bioquímica y señalización celular , el quinoma de un organismo es el conjunto completo de proteínas quinasas codificadas en su genoma . Las quinasas suelen ser enzimas que catalizan reacciones de fosforilación (de aminoácidos) y se dividen en varios grupos y familias, por ejemplo, las que fosforilan los aminoácidos serina y treonina , las que fosforilan tirosina y algunas que pueden fosforilar ambas, como las familias MAP2K y GSK. El término fue utilizado por primera vez en 2002 por Gerard Manning y colegas en artículos gemelos que analizaban las 518 proteínas quinasas humanas, y se refiere tanto a las proteínas quinasas como a las proteínas pseudoquinasas [1] y su evolución de las proteínas quinasas en los eucariotas. [2] Se han determinado otros kinomas para el arroz, [3] varios hongos, nematodos e insectos, erizos de mar , [4] Dictyostelium discoideum , [5] y el proceso de infección por Mycobacterium tuberculosis . [6] Aunque la secuencia primaria de las proteínas quinasas muestra una divergencia sustancial entre eucariotas no relacionados, y las diferencias de aminoácidos en los motivos catalíticos han permitido la separación de los kinomas en subtipos canónicos y pseudoquinasas , [7] la variación encontrada en los motivos de aminoácidos adyacentes al sitio de fosforilación real de sustratos por quinasas eucariotas es mucho menor. [8]

Como las quinasas son un objetivo farmacológico importante y un punto de control importante en el comportamiento celular, el cinoma también ha sido el objetivo de la genómica funcional a gran escala con pruebas de ARNi y de los esfuerzos de descubrimiento de fármacos, especialmente en terapias contra el cáncer. [9]

En los animales, el cinoma incluye quinasas que fosforilan solo tirosina (tirosina quinasas), aquellas que actúan sobre serina o treonina y algunas clases, como GSK3 y MAP2K que pueden actuar sobre ambas. [ cita requerida ] Las investigaciones han demostrado que existen dominios proteicos especializados que se unen a residuos de serina y treonina fosforilados, como los dominios BRCA y FHA . [ cita requerida ]

Véase también

Referencias

  1. ^ Manning G, Whyte DB, Martinez R, Hunter T, Sudarsanam S (diciembre de 2002). "El complemento de proteína quinasa del genoma humano". Science . 298 (5600): 1912–34. Bibcode :2002Sci...298.1912M. doi :10.1126/science.1075762. PMID  12471243. S2CID  26554314.
  2. ^ Manning G, Plowman GD, Hunter T, Sudarsanam S (octubre de 2002). "Evolución de la señalización de la proteína quinasa desde la levadura hasta el hombre". Trends Biochem. Sci . 27 (10): 514–20. doi :10.1016/S0968-0004(02)02179-5. PMID  12368087.
  3. ^ Dardick C, Chen J, Richter T, Ouyang S, Ronald P (febrero de 2007). "La base de datos de quinasas del arroz. Una base de datos filogenómica para el quinoma del arroz". Plant Physiol . 143 (2): 579–86. doi :10.1104/pp.106.087270. PMC 1803753 . PMID  17172291. 
  4. ^ Bradham CA, Foltz KR, Beane WS, et al. (diciembre de 2006). "El kinoma del erizo de mar: una primera mirada". Dev. Biol . 300 (1): 180–93. doi : 10.1016/j.ydbio.2006.08.074 . PMID  17027740.
  5. ^ Goldberg JM, Manning G, Liu A, et al. (marzo de 2006). "El cinoma de Dictyostelium: análisis de las proteínas quinasas de un organismo modelo simple". PLOS Genet . 2 (3): e38. doi : 10.1371/journal.pgen.0020038 . PMC 1420674 . PMID  16596165. 
  6. ^ Hestvik AL, Hmama Z, Av-Gay Y (octubre de 2003). "Análisis kinómico de la respuesta del huésped a la infección por micobacterias: una nueva técnica en proteómica". Infect. Immun . 71 (10): 5514–22. doi :10.1128/IAI.71.10.5514-5522.2003. PMC 201077. PMID 14500469  . 
  7. ^ Reiterer V, Eyers PA, Farhan H (2014). "Día de los muertos: pseudoquinasas y pseudofosfatasas en fisiología y enfermedad". Tendencias en biología celular . 24 (9): 489–505. doi :10.1016/j.tcb.2014.03.008. PMID  24818526.
  8. ^ Diks SH, Parikh K, van der Sijde M, Joore J, Ritsema T, Peppelenbosch MP (2007). Insall R (ed.). "¿Evidencia de un fosfoproteoma eucariótico mínimo?". MÁS UNO . 2 (1): 777. Código bibliográfico : 2007PLoSO...2..777D. doi : 10.1371/journal.pone.0000777 . PMC 1945084 . PMID  17712425. 
  9. ^ Workman P (2005). "Medicación del cinoma del cáncer: progreso y desafíos en el desarrollo de terapias moleculares personalizadas contra el cáncer". Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol . 70 : 499–515. doi : 10.1101/sqb.2005.70.020 . PMID  16869789.

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