La secuenciación por hibridación es una clase de métodos para determinar el orden en el que se producen los nucleótidos en una cadena de ADN . Normalmente se utiliza para buscar pequeños cambios en relación con una secuencia de ADN conocida . [1]
La unión de una cadena de ADN a su cadena complementaria en la doble hélice de ADN (conocida como hibridación ) es sensible incluso a desajustes de una sola base cuando la región híbrida es corta o si hay proteínas especializadas de detección de desajustes. Esto se explota de diversas formas, sobre todo a través de chips de ADN o microarreglos con miles a miles de millones de oligonucleótidos sintéticos encontrados en un genoma de interés más muchas variaciones conocidas o incluso todas las posibles variaciones de una sola base. [2] [3]
El tipo de secuenciación por hibridación descrito anteriormente ha sido reemplazado en gran medida por otros métodos, como la secuenciación por síntesis y la secuenciación por ligación (así como los métodos basados en poros). Sin embargo, la hibridación de oligonucleótidos todavía se utiliza en algunos esquemas de secuenciación, como la secuenciación basada en poros asistida por hibridación y la hibridación reversible. [4]
Ejemplos de sistemas comerciales
- Affymetrix (secuenciación real por hibridación)
- NABsys (secuenciación basada en poros asistida por hibridación)
- Complete Genomics Inc. (hibridación reversible de sondas que llaman a una sola base con cada hibridación)
Véase también
Referencias
- ^ Drmanac, Radoje; Drmanac, Snezana; Chui, Gloria; Diaz, Robert; Hou, Aaron; Jin, Hui; Jin, Paul; Kwon, Sunhee; Lacy, Scott; Moeur, Bill; Shafto, Jay; Swanson, Don; Ukrainczyk, Tatjana; Xu, Chongjun; Little, Deane (2002). "Secuenciación por hibridación (SBH): ventajas, logros y oportunidades". Tecnología de chips . Avances en ingeniería bioquímica/biotecnología. Vol. 77. págs. 75–101. doi :10.1007/3-540-45713-5_5. ISBN 978-3-540-43215-9. ISSN 0724-6145. PMID 12227738.PDF
- ^ Preparata, FP; Upfal, E (2000). "Secuenciación por hibridación en el límite de la teoría de la información: un algoritmo óptimo". J. Comput. Biol . 7 (3): 621–30. CiteSeerX 10.1.1.61.3325 . doi :10.1089/106652700750050970. PMID 11108482.
- ^ Hanna, GJ; et al. (julio de 2000). "Comparación de la secuenciación por hibridación y la secuenciación cíclica para la genotipificación de la transcriptasa inversa del virus de inmunodeficiencia humana tipo 1". J Clin Microbiol . 38 (7): 2715–2721. doi :10.1128/JCM.38.7.2715-2721.2000. PMC 87006 . PMID 10878069.
- ^ Church, George M. (enero de 2006). "Genomas para todos". Scientific American . 294 (1): 46–54. Bibcode :2006SciAm.294a..46C. doi :10.1038/scientificamerican0106-46. PMID 16468433. S2CID 28769137.
