graph-tool es un módulo de Python para la manipulación y el análisis estadístico de gráficos (también conocidos como redes ). Las estructuras de datos y algoritmos centrales de graph-tool se implementan en C++ , haciendo un uso extensivo de metaprogramación , basada en gran medida en la biblioteca Boost Graph . [1] Muchos algoritmos se implementan en paralelo utilizando OpenMP , que proporciona un mayor rendimiento en arquitecturas de múltiples núcleos .
Características
- Creación y manipulación de gráficos dirigidos o no dirigidos .
- Asociación de información arbitraria a los vértices, aristas o incluso al propio grafo, mediante mapas de propiedades.
- Filtrar vértices y/o aristas "sobre la marcha", de forma que parezcan haber sido eliminados.
- Soporte para formatos dot , Graph Modeling Language y GraphML .
- Dibujo gráfico cómodo y potente basado en cairo o Graphviz .
- Soporte para mediciones estadísticas típicas: histograma de grado/propiedad, histograma combinado de grado/propiedad, correlaciones vértice-vértice, asortatividad , ruta más corta promedio vértice-vértice , etc.
- Soporte para varios algoritmos de teoría de grafos: como isomorfismo de grafos , isomorfismo de subgrafos , árbol de expansión mínimo , componentes conectados , árbol dominador , flujo máximo , etc.
- Apoyo a varias medidas de centralidad .
- Soporte para coeficientes de agrupamiento , así como estadísticas de motivos de red y detección de estructura de comunidad .
- Generación de grafos aleatorios , con distribución de grados arbitrarios y correlaciones.
- Soporte para modelos de red bien establecidos: Price , Barabási-Albert , redes geométricas, gráfico reticular multidimensional , etc.
Idoneidad
Graph-tool se puede utilizar para trabajar con gráficos muy grandes [ aclaración necesaria ] en una variedad de contextos, incluyendo simulación de tejido celular , [2] minería de datos , [3] [4] análisis de redes sociales , [5] [6] análisis de sistemas P2P , [7] modelado a gran escala de sistemas basados en agentes , [8] estudio de árboles genealógicos
académicos , [9] evaluación teórica y modelado de agrupamiento de redes , [10] análisis de gráficos de llamadas a gran escala , [11] y análisis del conectoma del cerebro . [12]
Referencias
- ^ Comparación del rendimiento de la herramienta Graph-tool, Graph-tool
- ^ Bruno Monier et al, "Las fuerzas apicobasales ejercidas por las células apoptóticas impulsan el plegamiento del epitelio", Nature, 2015 [1]
- ^ Ma, Shuai, et al. "Correspondencia de patrones de grafos distribuidos". Actas de la 21.ª conferencia internacional sobre la World Wide Web. ACM, 2012. [2]
- ^ Ma, Shuai, et al. "Captura de topología en la comparación de patrones de grafos". Actas de la Fundación VLDB 5.4 (2011): 310-321. [3]
- ^ Janssen, E., MATT Hurshman y NAUZER Kalyaniwalla. "Selección de modelos para redes sociales mediante grafitos". Internet Mathematics (2012). [4]
- ^ Asadi, Hirad Cyrus. Diseño e implementación de un middleware para el análisis de datos de redes sociales. Informe de tesis de maestría, KTH School of Computer Science and Communication, Estocolmo, Suecia, 2007. [5] Archivado el 22 de enero de 2015 en Wayback Machine.
- ^ Teresniak, Sven y col. "Recuperación de información en una red P2P con simulación de características de mundo pequeño y evaluación de modelos SemPIR". [6] Archivado el 22 de enero de 2015 en Wayback Machine.
- ^ Hamacher, Kay y Stefan Katzenbeisser. "Seguridad pública: las simulaciones deben reemplazar la sabiduría convencional". Actas del taller de 2011 sobre nuevos paradigmas de seguridad. ACM, 2011. [7]
- ^ Miyahara, Edson Kiyohiro, Jesús P. Mena-Chalco y Roberto M. Cesar-Jr. "Genealogia Acadêmica Lattes." [8] [ enlace muerto permanente ]
- ^ Abdo, Alexandre H. y APS de Moura. "La agrupación como medida de la topología local de las redes". arXiv preprint physics/0605235 (2006). [9]
- ^ Narayan, Ganesh, K. Gopinath y V. Sridhar. "Estructura e interpretación de programas informáticos". Aspectos teóricos de la ingeniería de software, 2008. TASE'08. 2.º Simposio internacional IFIP/IEEE sobre IEEE, 2008. [10]
- ^ Gerhard, Stephan, et al. "El kit de herramientas del visualizador de conectomas: un marco de código abierto para gestionar, analizar y visualizar conectomas". Frontiers in neuroinformatics 5 (2011). [11]
Enlaces externos
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