El gobernador de Maluku ( en indonesio : Gubernur Maluku) es el jefe regional de primer nivel de Maluku (provincia) junto con el vicegobernador y 45 miembros de la Cámara de Representantes Regional de las Molucas . El gobernador y el vicegobernador de Maluku son elegidos mediante elecciones generales que se celebran cada cinco años. El gobernador actual de Maluku es Murad Ismail y el vicegobernador es Barnabas N. Orno.
Las Molucas fueron colonizadas por portugueses, españoles, holandeses e ingleses y finalmente se independizaron como parte de Indonesia. A continuación se muestra una lista de gobernadores.