El Presidente de Anjouan es el jefe de Anjouan , una de las tres islas de la Unión de las Comoras . El cargo se estableció por primera vez en 1997 tras la Declaración de Independencia de Anjouan. En segundo lugar, el cargo pasó a ser Presidente de la isla autónoma de Anjouan tras la adopción de la Constitución de la Unión de las Comoras de 2001.
El primer presidente de Anjouan fue Foundi Ibrahim Abdallah de 1997 a 1999.
Saïd Abeid Abdérémane sucedió a Foundi Ibrahim Abdallah en 1999 y fue presidente de Anjouan hasta agosto de 2001, fecha del golpe militar de Mohamed Bacar .
Mohamed Bacar ocupó el cargo electo entre el 14 de abril de 2002 y el 26 de abril de 2007, cuando el Tribunal Constitucional Federal del país declaró ilegal su permanencia en el cargo tras el fin de su mandato el 14 de abril. Dos días después, el presidente comorense Ahmed Abdallah Sambi nombró a Kaambi Houmadi presidente interino de Anjouan. Houmadi fue sustituido por Dhoihirou Halidi el 11 de mayo de 2007. Esta solución fue rechazada por Bacar, que celebró sus propias elecciones ilegales en junio, que, como era de esperar, ganó de forma aplastante gracias a un fraude masivo. En febrero de 2008, el Gobierno de la Unión de las Comoras declaró que no había logrado encontrar una solución diplomática a la crisis y organizó una intervención armada el 25 de marzo de 2008 que rápidamente recuperó el control de la isla. El 26 de marzo de 2008, Ikililou Dhoinine , uno de los vicepresidentes de la federación, fue designado líder interino de Anjouan. El 30 de marzo, Lailizamane Abdou Cheik, quien era presidente del Tribunal de Apelación de Anjouan (y por lo tanto era el sucesor constitucional de la Presidencia en caso de una vacante), fue designado como Presidente interino; prestó juramento el 31 de marzo. [1]
Tras las elecciones presidenciales celebradas en junio de 2008, Moussa Toybou asumió el cargo de presidente el 5 de julio de 2008.
La toma de posesión de Anjouan por el Gobierno de la Unión de las Comoras transformó el estatuto de Presidente de Anjouan en el de Gobernador con privilegios limitados.