El gobierno confederado de Missouri fue una continuación en el exilio del gobierno del gobernador proconfederado Claiborne F. Jackson . Existió hasta que el general E. Kirby Smith entregó todas las tropas confederadas al oeste del río Mississippi en Nueva Orleans , el 26 de mayo de 1865.
Cuando comenzó la Guerra Civil , muchos ciudadanos importantes esperaban que el estado pudiera permanecer neutral en el creciente conflicto. Estas esperanzas se concretaron en la llamada Tregua Price-Harney del 21 de mayo de 1861. Sin embargo, la implementación de la tregua se vio afectada por el creciente conflicto. En una reunión celebrada en Planters' House en St. Louis , el 11 de junio de 1861, quedó claro que los líderes de Missouri tendrían que elegir bando. En el otoño de 1861, el gobernador Claiborne Jackson y otros destacados secesionistas de Missouri se reunieron en Neosho, Missouri . Actuando como Asamblea General de Missouri , este organismo promulgó una ordenanza de secesión el 28 de octubre de 1861; sin embargo, el estatus legal de esta ordenanza no fue aceptado por los partidarios de la Unión de Missouri, ni entonces ni después.
El gobierno secesionista solicitó y, el 28 de noviembre de 1861, obtuvo la admisión en la Confederación como su supuesto duodécimo estado. Sin embargo, como resultado de las operaciones militares, en particular la batalla de Pea Ridge en marzo de 1862, el gobierno confederado de Misuri no pudo establecer el control sobre gran parte del estado; su jurisdicción se extendió solo hasta donde la fuerza militar confederada podía alcanzar. El gobernador Jackson y su gobierno se vieron obligados a exiliarse. El gobierno exiliado estableció operaciones en Marshall, Texas , como parte del bloque Trans-Misisipi de gobiernos civiles del Sur.
Aunque los partidarios confederados en Missouri no pudieron hacer realidad su secesión, el gobierno sureño en el exilio envió legisladores al Congreso de los Estados Confederados , y Missouri estuvo representado por la duodécima estrella en la bandera confederada . [1]