La Copa Merconorte de 1999 fue la segunda edición del torneo de fútbol asociación Copa Merconorte celebrada en 1999. América de Cali de Colombia venció a Santa Fe también de Colombia en la final.
Cada equipo jugó contra los otros equipos del grupo dos veces durante la fase de grupos. El equipo que obtuvo el primer lugar avanzó a la segunda ronda.