Los grupos de clasificación para el Campeonato Europeo Sub-21 de la UEFA de 2006 coincidieron, en la medida de lo posible, con los grupos de clasificación para el Mundial de 2006 de 7 y 6 equipos de las selecciones absolutas europeas. Las excepciones fueron Andorra , Islas Feroe , Liechtenstein e Irlanda del Norte , ninguno de los cuales presentó un equipo sub-21. Alemania , cuya selección absoluta no necesitaba clasificarse para el Mundial (ya que será la anfitriona), fue añadida a uno de los grupos de 5 equipos creados por la ausencia de las naciones antes mencionadas.
Las 48 selecciones sub-21 participantes se dividieron en ocho grupos (seis grupos de 6 + un grupo de 5 + un grupo de 7). Los ocho primeros de grupo se enfrentaron a los ocho segundos en partidos de ida y vuelta para decidir los ocho equipos clasificados.
La distribución de los equipos en los grupos clasificatorios se basó en la clasificación para la Copa Mundial de la FIFA 2006 con varios cambios que reflejan la ausencia de algunas naciones:
Esta fue la última vez que se aplicó este esquema de agrupación para los grupos de clasificación Sub-21.
Los ganadores de grupo jugaron en casa el partido de vuelta.