Las etiquetas isobáricas para cuantificación relativa y absoluta ( iTRAQ ) son un método de etiquetado isobárico utilizado en proteómica cuantitativa mediante espectrometría de masas en tándem para determinar la cantidad de proteínas de diferentes fuentes en un solo experimento. [1] [2] [3] Utiliza moléculas marcadas con isótopos estables que pueden unirse covalentemente al extremo N-terminal y a las aminas de cadena lateral de las proteínas.
El método ITRAQ se basa en el marcaje covalente del extremo N y de las aminas de la cadena lateral de péptidos procedentes de digestiones de proteínas con etiquetas de masa variable. Actualmente se utilizan principalmente dos reactivos: 4-plex y 8-plex, que se pueden utilizar para marcar todos los péptidos de diferentes muestras/tratamientos. [ cita necesaria ] Estas muestras luego se agrupan y generalmente se fraccionan mediante cromatografía líquida y se analizan mediante espectrometría de masas en tándem (MS/MS). Luego se realiza una búsqueda en la base de datos utilizando los datos de fragmentación para identificar los péptidos marcados y, por tanto, las proteínas correspondientes. La fragmentación de la etiqueta adjunta genera un ion indicador de baja masa molecular que puede usarse para cuantificar relativamente los péptidos y las proteínas de las que se originaron.
A nivel de péptido, las señales de los iones indicadores de cada espectro MS/MS permiten calcular la abundancia relativa (proporción) de los péptidos identificados por este espectro. [ cita necesaria ] La abundancia de los iones indicadores puede consistir en más de una única señal en los datos de MS/MS y las señales deben integrarse de alguna manera desde el espectro del histograma.
A nivel de proteína, las proporciones combinadas de péptidos de una proteína representan la cuantificación relativa de esa proteína.
Los espectros MS/MS se pueden analizar utilizando software que está disponible gratuitamente: i-Tracker [4] y jTraqX [5] [6]