Una secuencia de reconocimiento es una secuencia de ADN a la que un motivo estructural de un dominio de unión al ADN muestra especificidad de unión . Las secuencias de reconocimiento son palíndromos . [1]
El factor de transcripción Sp1, por ejemplo, se une a las secuencias 5'-(G/T)GGGCGG(G/A)(G/A)(C/T)-3', donde (G/T) indica que el dominio se unirá una guanina o timina en esta posición.
La endonucleasa de restricción PstI reconoce, se une y escinde la secuencia 5'-CTGCAG-3'.
Una secuencia de reconocimiento es diferente de un sitio de reconocimiento . Una secuencia de reconocimiento determinada puede ocurrir una o más veces, o ninguna, en un fragmento de ADN específico. Un sitio de reconocimiento se especifica por la posición del sitio. Por ejemplo, hay dos sitios de reconocimiento de PstI en el siguiente fragmento de secuencia de ADN, comenzando en las bases 9 y 31 respectivamente. Una secuencia de reconocimiento es una secuencia específica, normalmente muy corta (menos de 10 bases). Dependiendo del grado de especificidad de la proteína, una proteína de unión al ADN puede unirse a más de una secuencia específica. Para PstI, que tiene una especificidad de secuencia única, es 5'-CTGCAG-3'. Siempre es lo mismo ya sea en el primer sitio de reconocimiento o en el segundo en la siguiente secuencia de ejemplo. Para Sp1, que tiene especificidad de secuencia múltiple (16) como se muestra arriba, los dos sitios de reconocimiento en el siguiente fragmento de secuencia de ejemplo están en 18 y 32, y sus respectivas secuencias de reconocimiento son 5'-GGGGCGGAGC-3' y 5'-TGGGCGGAAC- 3'.
5'-AACGTTAG CTGCAG TC GGGGCGGAGC TAGG CTGCAG GAAT TGGCGGAAC CT-3'
secuencia de reconocimiento (P4863) (ver usos )