En biología molecular y genética , tanto aguas arriba como aguas abajo se refieren a posiciones relativas del código genético en el ADN o el ARN . Cada hebra de ADN o ARN tiene un extremo 5' y un extremo 3' , llamado así por la posición del carbono en el anillo de desoxirribosa (o ribosa ). Por convención, aguas arriba y aguas abajo se relacionan con la dirección 5' a 3' respectivamente en la que tiene lugar la transcripción del ARN. [1] Corriente arriba está hacia el extremo 5' de la molécula de ARN y corriente abajo está hacia el extremo 3'. Cuando se considera el ADN de doble cadena, aguas arriba está hacia el extremo 5' de la cadena codificante del gen en cuestión y aguas abajo está hacia el extremo 3'. Debido a la naturaleza antiparalela del ADN, esto significa que el extremo 3' de la cadena plantilla está aguas arriba del gen y el extremo 5' está aguas abajo.
Algunos genes de la misma molécula de ADN pueden transcribirse en direcciones opuestas. Esto significa que las áreas aguas arriba y aguas abajo de la molécula pueden cambiar según el gen que se utilice como referencia.
Los términos aguas arriba y aguas abajo a veces también se aplican a una secuencia polipeptídica, donde aguas arriba se refiere a una región N-terminal y aguas abajo a los residuos C-terminales de un punto de referencia.