La clasificación para el Campeonato de Europa Sub-21 de la UEFA de 2000 comenzó en 1998. La fase final se celebró en 2000 en Eslovaquia .
Los 47 equipos nacionales se dividieron en nueve grupos (siete grupos de 5 + dos grupos de 6). A continuación se compararon los resultados de los nueve segundos clasificados de cada grupo. Los siete primeros se unieron a los nueve ganadores en un desempate por los ocho puestos en la fase final. A continuación, se eligió a uno de los ocho equipos clasificados para albergar los partidos restantes.
La distribución de los equipos en los grupos clasificatorios se basó en la del torneo clasificatorio de la Eurocopa 2000 de la UEFA con varios cambios que reflejan la ausencia de algunas naciones:
Italia se clasificó como primera de grupo, mientras que Suiza no logró clasificarse como una de las mejores segundas..svg/1280px-Flag_of_Switzerland_(Pantone).svg.png){kind=small}
Grecia se clasificó como primera de grupo y Noruega se clasificó como una de las mejores segundas.
Turquía se clasificó como primera de grupo Alemania no logró clasificarse como una de las mejores segundas, Alemania (13 puntos) y Finlandia (13 puntos) con un récord cara a cara:2-0 en Alemania, 3-1 en Finlandia. Alemania ocupa un puesto más alto en la clasificación según la regla de los goles de visitante .
Francia se clasificó como primera de grupo y Rusia se clasificó como uno de los mejores segundos clasificados.
Inglaterra se clasificó como primera de grupo y Polonia se clasificó como una de las mejores segundas.
España se clasificó como primera de grupo y Holanda se clasificó como una de las mejores segundas.
Eslovaquia se clasificó como primera de grupo y Portugal se clasificó como uno de los mejores segundos clasificados.
Croacia se clasificó como primera de grupo. La República Federativa de Yugoslavia se clasificó como una de las mejores segundas..svg/1280px-Flag_of_Serbia_and_Montenegro_(1992%E2%80%932006).svg.png){kind=small}
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Bélgica se clasificó como primera de grupo y la República Checa como una de las mejores segundas.
Como los grupos estaban compuestos por un número diferente de equipos (seis y cinco), los partidos contra los equipos que ocupaban el quinto y sexto lugar en cada grupo no se incluyeron en la clasificación. Como resultado, seis partidos jugados por cada equipo computaron para la tabla de los segundos clasificados. Los siete primeros avanzaron al play-off.