Las elecciones generales de los Territorios del Noroeste de 1999 se celebraron el 6 de diciembre de 1999. Esta fue la primera elección bajo los nuevos límites que se crearon cuando Nunavut se separó de los Territorios del Noroeste. Fueron elegidos 19 miembros, cinco menos que en las elecciones anteriores.
Los principales temas de esta elección fueron el autogobierno nativo y el control de los recursos del territorio.
El día de las elecciones, Yellowknife quedó atrapada en una tormenta de nieve extrema que cortó el tráfico todoterreno y los suministros.
Esta fue también la última elección en Canadá en el siglo XX.
La elección se llevó a cabo bajo reglas no partidistas ya que el gobierno opera bajo consenso, y Elecciones NWT no ha reconocido partidos desde 1905. El Nuevo Partido Democrático del Ártico Occidental, una rama cuasi oficial del Nuevo Partido Democrático de Canadá , presentó candidatos y Publicó carteles y material de campaña, como un intento de revivir una legislatura partidista. Fueron excluidos de las elecciones.
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