Las elecciones generales de los Territorios del Noroeste de 1999 se celebraron el 6 de diciembre de 1999. Fueron las primeras elecciones celebradas bajo los nuevos límites que se crearon cuando Nunavut se separó de los Territorios del Noroeste. Se eligieron 19 miembros, cinco menos que en las elecciones anteriores.
Los temas principales en estas elecciones fueron el autogobierno indígena y el control sobre los recursos del territorio.
El día de las elecciones, Yellowknife se vio atrapado en una tormenta de nieve extrema que cortó el tráfico todoterreno y los suministros.
Ésta también fue la última elección en Canadá en el siglo XX.
Las elecciones se llevaron a cabo de acuerdo con reglas no partidistas, ya que el gobierno opera por consenso y Elections NWT no reconoce partidos desde 1905. El Nuevo Partido Democrático del Ártico Occidental, una rama cuasi oficial del Nuevo Partido Democrático de Canadá , presentó candidatos y publicó carteles y material de campaña en un intento de revivir una legislatura partidista. Fueron excluidos de las elecciones.
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