El 16 de abril y el 14 de mayo de 2006 se celebraron elecciones presidenciales en las Comoras . Como la isla de Anjouan tenía que ocupar la presidencia de la Unión, el 16 de abril se celebraron elecciones primarias en Anjouan, antes de las elecciones nacionales del 14 de mayo. El resultado fue la victoria de Ahmed Abdallah Mohamed Sambi , que obtuvo el 58% de los votos en las elecciones nacionales.
Las primeras elecciones presidenciales celebradas bajo la nueva constitución se celebraron el 10 de marzo y el 14 de abril de 2002. En las primarias del 10 de marzo celebradas en la isla de Gran Comora , Azali Assoumani quedó en primer lugar entre nueve candidatos con el 39,81% de los votos. Mahamoud Mradabi y Saïd Ali Kemal también se clasificaron para participar en la segunda vuelta, obteniendo el 15,69% y el 10,68%, respectivamente. Sin embargo, Mradabi y Kemal denunciaron irregularidades durante las primarias y decidieron boicotear las elecciones del 14 de abril. Como resultado, Azali Assoumani ganó aproximadamente el 80% de los votos.
El Tribunal Constitucional del país autorizó a catorce candidatos a participar en las primarias de 2006. Sin embargo, uno de los candidatos aprobados, Antoy Abdou, se retiró antes del día de las elecciones.
Tras un período de inestabilidad política que comenzó a finales de los años 1990 y que vio la secesión (no reconocida) de Anjouan y Mohéli , en diciembre de 2001 se aprobó una nueva constitución en un referéndum. Creó una unión de islas semiautónomas , cada una con su propia constitución, presidente y asamblea . El cargo de presidente de la unión, que es el jefe de estado y de gobierno, rota entre las tres islas cada cuatro años.
En la isla se celebran elecciones primarias para elegir a la presidencia del sindicato. Los tres candidatos que reciben más votos se presentan a una elección nacional en la que se necesita una mayoría simple para ganar.