El 7 de junio de 2009 se celebraron elecciones para los diputados estonios al Parlamento Europeo .
La participación fue del 43,9%, un 17,1% más que en las elecciones anteriores, celebradas cinco años antes. La participación también estuvo ligeramente por encima de la media europea, del 42,94%.
En estas elecciones se disputaron seis escaños: dos de ellos fueron ganados por el Partido del Centro de Estonia . El Partido Reformista de Estonia , la Unión Pro Patria y Res Publica , el Partido Socialdemócrata y el candidato independiente Indrek Tarand obtuvieron un escaño cada uno.
El resultado electoral fue notable porque el candidato independiente Indrek Tarand obtuvo el apoyo de 102.460 votantes, solo 1.046 votos menos que el ganador de las elecciones, el Partido del Centro de Estonia, superando los resultados de todos los demás partidos principales y secundarios.
Otro candidato independiente, el euroescéptico Martin Helme , también sorprendió al conseguir 9.832 votos, superando así a un partido parlamentario -Unión Popular de Estonia- y obteniendo sólo 1.019 menos que el siguiente en la lista, los Verdes de Estonia .
La elección se llevó a cabo utilizando el método D'Hondt con listas cerradas . El éxito de los candidatos independientes en esta elección se ha atribuido tanto a la desilusión general con los partidos principales como al uso de listas cerradas que impidieron a los votantes emitir su voto por candidatos específicos en las listas de los partidos.
Edgar Savisaar renunció a su mandato y dejó su escaño a la tercera candidata de la lista del partido, su esposa Vilja Savisaar , quien fue confirmada como diputada al Parlamento Europeo el 7 de julio de 2009.