El puerto de Yokosuka (横須賀港, Yokosuka-kō ) se encuentra al sur del puerto de Yokohama, en la bahía de Tokio . Según la Ley de Puertos y Bahías de Japón, está clasificado como un puerto importante. La ciudad de Yokosuka administra el puerto.
El puerto de Yokosuka cuenta con 100 muelles de 4,5 m o más de longitud. Abarca 13 zonas desde Oppama en el norte hasta Kurihama y Nobi en el sur. Kurihama es el lugar donde desembarcó el comodoro Matthew Perry en 1853. Desde entonces se ha desarrollado para el tráfico militar, marítimo y de transbordadores. La base de la Armada de los EE. UU. y la base de la fuerza de autodefensa marítima se encuentran dentro del puerto de Yokosuka.
Yokosuka, situada cerca de la planta de Nissan Oppama, es un importante puerto para el transporte de automóviles. La flota pesquera trae atún y otros productos del océano. El ferry Tokio-Wan une Yokosuka con el puerto de Kanaya en Futtsu , prefectura de Chiba . Otros ferries van a Tokio , Izu Ōshima y Ōita en Kyūshū .