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Feliz mapeo

En genética , el mapeo HAPPY , propuesto por primera vez por Paul H. Dear y Peter R. Cook en 1989, es un método utilizado para estudiar el vínculo entre dos o más secuencias de ADN . [1] Según el Single Molecule Genomics Group, es un "mapeo basado en el análisis de muestras de ADN aproximadamente haploides utilizando la reacción en cadena de la polimerasa" . En genómica , el mapeo HAPPY se puede aplicar para evaluar la sintenia y la orientación de varias secuencias de ADN a lo largo de un genoma en particular: la generación de un mapa "genómico".

Al igual que en el caso del mapeo de ligamiento , el mapeo HAPPY se basa en la probabilidad diferencial de que se separen dos o más secuencias de ADN. En el mapeo genético, la probabilidad de que se produzca un evento de recombinación entre dos loci genéticos del mismo cromosoma es directamente proporcional a la distancia entre ellos. El mapeo HAPPY reemplaza la recombinación por la fragmentación: en lugar de depender de la recombinación para separar loci genéticos, se fragmenta todo el genoma, por ejemplo, mediante radiación o cizallamiento mecánico. Si el ADN se rompe de forma aleatoria, cuanto mayor sea la distancia entre dos secuencias de ADN, mayores serán las posibilidades de que se rompa entre las dos, y viceversa.

El mapeo HAPPY conserva los beneficios del mapeo genético y al mismo tiempo elimina algunos de los problemas asociados con la recombinación, como la necesidad de polimorfismo y reproducción. Además, la recombinación puede ser específica de la localidad, mientras que la rotura del ADN genómico por radiación o cizallamiento mecánico parece ser más aleatoria. Se ha utilizado para mapear genéticamente varios organismos. [2] [3]

El mapeo HAPPY también se ha adaptado para permitir el análisis preciso de la variación del número de copias y, en particular, el análisis de los cambios en el número de copias en el cáncer. [4]

Referencias

  1. ^ Estimado PH, Cook PR (septiembre de 1989). "Mapeo feliz: una propuesta para el mapeo de ligamiento del genoma humano". Nucleic Acids Res . 17 (17): 6795–807. doi :10.1093/nar/17.17.6795. PMC  318413 . PMID  2780310.
  2. ^ Piper MB, Bankier AT, Dear PH (diciembre de 1998). "Un mapa FELIZ de Cryptosporidium parvum". Genome Res . 8 (12): 1299–307. doi :10.1101/gr.8.12.1299. PMC 310802 . PMID  9872984. 
  3. ^ Hamilton EP, Dear PH, Rowland T, Saks K, Eisen JA, Orias E (octubre de 2006). "Uso del mapeo HAPPY para el ensamblaje de orden superior del genoma de Tetrahymena". Genomics . 88 (4): 443–51. doi :10.1016/j.ygeno.2006.05.002. PMC 3169840 . PMID  16782302. 
  4. ^ McCaughan F, Darai-Ramqvist E, Bankier AT, Konfortov BA, Foster N, George PJ, Rabbitts TH, Kost-Alimova M, Rabbitts PH, Dear PH (noviembre de 2008). "Recuento molecular de copias mediante microdisección (microMCC): acceso a archivos de cáncer con PCR digital". J. Pathol . 216 (3): 307–16. doi : 10.1002/path.2413 . PMID:  18773450.