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Filo NC10

NC10 es un filo bacteriano con estatus de candidato , lo que significa que sus miembros siguen sin cultivarse hasta la fecha. La dificultad para producir cultivos de laboratorio puede estar relacionada con bajas tasas de crecimiento y otros factores limitantes del crecimiento. [1] [2] [3] [4]

Methylomirabilis oxyfera , un miembro del filo NC10, es el primer organismo descubierto que acopla la oxidación del metano a la reducción del nitrito a dinitrógeno (N 2 ). [5] Esto es significativo por varias razones. En primer lugar, solo se conocen otras tres vías biológicas para producir oxígeno ( fotosíntesis , respiración clorato y desintoxicación de especies reactivas de oxígeno ). En segundo lugar, la oxidación anaeróbica del metano (AMO) acoplada a la reducción del nitrito vincula los ciclos globales del carbono y el nitrógeno, y por lo tanto los metanótrofos desnitrificantesen el filo NC10 pueden influir en el contenido de metano en la atmósfera. [1] En tercer lugar, este hallazgo abre la posibilidad de que el oxígeno estuviera disponible en la atmósfera antes de la evolución de la fotosíntesis oxigénica y el Gran Evento de Oxidación , [5] lo que desafía ciertos aspectos de las teorías modernas sobre la evolución de la vida temprana en la Tierra.

El filo NC10 fue propuesto por primera vez en 2003 sobre la base de secuencias de genes de ARNr 16S altamente divergentes de formaciones microbianas acuáticas en cuevas inundadas ( cuevas de Nullarbor , Australia). [6] Los primeros conocimientos genómicos para el filo se publicaron en 2010. [5] Se han detectado miembros del filo NC10 en entornos que incluyen las turberas de Brunssummerheide (Limburgo, Países Bajos), [7] el profundo lago estratificado Zug (Suiza central), [8] y un campo de arroz con fertilización a largo plazo (Hangzhou, China) [9].

Las especies NC10 propuestas hasta la fecha incluyen Methylomirabilis oxyfera [5] y Methylomirabilis lanthanidiphila [10].

Taxonomía

La taxonomía aceptada actualmente se basa en la Lista de nombres procariotas con estatus en la nomenclatura (LPSN) [14] y el Centro Nacional para la Información Biotecnológica (NCBI). [15] Sin embargo, muchos nombres taxonómicos se toman de la Base de datos de taxonomía del genoma, versión 06-RS202. [16] [17] [18] [19]

Véase también

Referencias

  1. ^ abc He, Zhanfei; Cai, Chaoyang; Wang, Jiaqi; Xu, Xinhua; Zheng, Ping; Jetten, Mike SM; Hu, Baolan (1 de septiembre de 2016). "Un nuevo metanótrofo desnitrificante del filo NC10 y su microcolonia". Scientific Reports . 6 (1): 32241. Bibcode :2016NatSR...632241H. doi :10.1038/srep32241. ISSN  2045-2322. PMC  5007514 . PMID  27582299.
  2. ^ Raghoebarsing, Ashna A.; Pol, Arjan; van de Pas-Schoonen, Katinka T.; Arde, Alfons JP; Ettwig, Katharina F.; Rijpstra, W. Irene C.; Schouten, Stefan; Damsté, Jaap S. Sinninghe; Op den Camp, Huub JM; Jetten, Mike SM; Strous, Marc (abril de 2006). "Un consorcio microbiano combina la oxidación anaeróbica del metano con la desnitrificación". Naturaleza . 440 (7086): 918–921. Código Bib :2006Natur.440..918R. doi : 10.1038/naturaleza04617. hdl : 1874/22552 . ISSN  1476-4687. Número de modelo: PMID  16612380. Número de modelo: S2CID  4413069.
  3. ^ Ettwig, Katharina F.; Shima, Seigo; Pas‐Schoonen, Katinka T. Van De; Kahnt, Jörg; Medema, Marnix H.; Campamento, Huub JM Op Den; Jetten, Mike SM; Strous, Marc (2008). "Las bacterias desnitrificantes oxidan anaeróbicamente el metano en ausencia de Archaea". Microbiología Ambiental . 10 (11): 3164–3173. doi :10.1111/j.1462-2920.2008.01724.x. hdl : 2066/72144 . ISSN  1462-2920. PMID  18721142.
  4. ^ Wu, Ming L.; Ettwig, Katharina F.; Jetten, Mike SM; Strous, Marc; Keltjens, Jan T.; Niftrik, Laura van (1 de febrero de 2011). "Un nuevo metabolismo intraaeróbico en la bacteria oxidante de metano anaeróbica dependiente de nitrito Candidatus 'Methylomirabilis oxyfera'". Biochemical Society Transactions . 39 (1): 243–248. doi :10.1042/BST0390243. hdl : 2066/91512 . ISSN  0300-5127. PMID  21265781.
  5. ^ abcd Ettwig, Katharina F.; Mayordomo, Margaret K.; Le Paslier, Denis; Pelletier, Eric; Mangenot, Sofía; Kuypers, Marcel MM; Schreiber, Frank; Dutilh, Bas E.; Zedelius, Johannes; de Beer, Dirk; Gloerich, Jolein (marzo de 2010). "Oxidación anaeróbica de metano impulsada por nitritos por bacterias oxigenadas". Naturaleza . 464 (7288): 543–548. Código Bib :2010Natur.464..543E. doi : 10.1038/naturaleza08883. hdl : 2066/84284 . ISSN  1476-4687. PMID  20336137. S2CID  205220000.
  6. ^ Rappé, Michael S.; Giovannoni, Stephen J. (octubre de 2003). "La mayoría microbiana no cultivada". Revisión anual de microbiología . 57 (1): 369–394. doi :10.1146/annurev.micro.57.030502.090759. ISSN  0066-4227. PMID  14527284.
  7. ^ Zhu, Baoli; van Dijk, Gijs; Fritz, Christian; Smolders, Alfons JP; Pol, Arjan; Jetten, Mike SM; Ettwig, Katharina F. (5 de octubre de 2012). "Oxidación anaeróbica de metano en una turbera minerotrófica: enriquecimiento de bacterias oxidantes de metano dependientes de nitrito". Microbiología aplicada y ambiental . 78 (24): 8657–8665. Bibcode :2012ApEnM..78.8657Z. doi : 10.1128/aem.02102-12 . ISSN  0099-2240. PMC 3502929 . PMID  23042166. 
  8. ^ Graf, Jon S.; Mayr, Magdalena J.; Marchant, Hannah K.; Tienken, Daniela; Hach, Philipp F.; Brand, Andreas; Schubert, Carsten J.; Kuypers, Marcel MM; Milucka, Jana (2018). "Floración de un metanótrofo desnitrificante, 'Candidatus Methylomirabilis limnetica', en un lago estratificado profundo". Microbiología ambiental . 20 (7): 2598–2614. doi : 10.1111/1462-2920.14285 . hdl : 21.11116/0000-0003-B834-3 . ISSN  1462-2920. PMID  29806730.
  9. ^ He, Zhanfei; Cai, Chen; Shen, Lidong; Lou, Liping; Zheng, Ping; Xu, Xinhua; Hu, Baolan (1 de enero de 2015). "Efecto de las fuentes de inóculo en el enriquecimiento de bacterias oxidantes de metano anaeróbicas dependientes de nitrito". Applied Microbiology and Biotechnology . 99 (2): 939–946. doi :10.1007/s00253-014-6033-8. ISSN  1432-0614. PMID  25186148. S2CID  33695086.
  10. ^ Versantvoort, Wouter; Guerrero-Cruz, Simón; Speth, Daan R.; Frank, Jeroen; Gambelli, Lavinia; Cremers, Geert; van Alen, Theo; Jetten, Mike SM; Kartal, Boran; Op den Camp, Huub JM; Reimann, Joaquín (2018). "Genómica comparada de especies de Candidatus Methylomirabilis y descripción de Ca. Methylomirabilis Lanthanidiphila". Fronteras en Microbiología . 9 : 1672. doi : 10.3389/fmicb.2018.01672 . ISSN  1664-302X. PMC 6094997 . PMID  30140258. 
  11. ^ "GTDB release 07-RS207". Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 20 de junio de 2022 .
  12. ^ "bac120_r207.sp_labels". Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 20 de junio de 2022 .
  13. ^ "Historia del taxón". Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 20 de junio de 2022 .
  14. ^ JP Euzéby. "Bacterias". Lista de nombres procariotas con posición en la nomenclatura (LPSN) . Consultado el 27 de junio de 2021 .
  15. ^ Sayers; et al. "Bacteria". Base de datos de taxonomía del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) . Consultado el 20 de marzo de 2021 .
  16. ^ "GTDB release 06-RS202". Base de datos de taxonomía del genoma .
  17. ^ Parks, DH; Chuvochina, M; Waite, DW; Rinke, C; Skarshewski, A; Chaumeil, PA; Hugenholtz, P (noviembre de 2018). "Una taxonomía bacteriana estandarizada basada en la filogenia del genoma revisa sustancialmente el árbol de la vida". Nature Biotechnology . 36 (10): 996–1004. bioRxiv 10.1101/256800 . doi :10.1038/nbt.4229. PMID  30148503. S2CID  52093100. 
  18. ^ Parks, DH; Chuvochina, M; Chaumeil, PA; Rinke, C; Mussig, AJ; Hugenholtz, P (septiembre de 2020). "Una taxonomía completa de dominio a especie para bacterias y arqueas". Nature Biotechnology . 38 (9): 1079–1086. bioRxiv 10.1101/771964 . doi :10.1038/s41587-020-0501-8. PMID  32341564. S2CID  216560589. 
  19. ^ Chaumeil, PA; Mussig, AJ; Hugenholtz, P; Parks, DH (15 de noviembre de 2019). "GTDB-Tk: un conjunto de herramientas para clasificar genomas con la base de datos de taxonomía genómica". Bioinformática . 36 (6): 1925–1927. doi : 10.1093/bioinformatics/btz848 . PMC 7703759 . PMID  31730192.