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Ribotipificación

La ribotipificación es una técnica molecular para la identificación y caracterización bacteriana que utiliza información de análisis filogenéticos basados ​​en ARNr. [1] Es un método rápido y específico ampliamente utilizado en el diagnóstico clínico y el análisis de comunidades microbianas en alimentos, agua y bebidas. [1]

Todas las bacterias tienen genes ribosomales , pero la secuencia exacta es única para cada especie y funciona como una huella genética. Por lo tanto, la secuenciación del gen 16S en particular y su comparación con una base de datos permitiría identificar la especie en particular. [2]

Técnica

La ribotipificación implica la digestión del ADN genómico bacteriano con enzimas de restricción específicas . Cada enzima de restricción corta el ADN en una secuencia de nucleótidos específica, lo que da como resultado fragmentos de diferentes longitudes. [3]

Estos fragmentos se pasan luego a una electroforesis en gel , donde se separan según su tamaño: la aplicación de un campo eléctrico al gel en el que están suspendidos provoca el movimiento de los fragmentos de ADN (todos ellos cargados negativamente debido a la presencia de grupos fosfato) a través de una matriz hacia el extremo cargado positivamente del campo. Los fragmentos pequeños se mueven más fácil y rápidamente a través de la matriz, alcanzando una distancia mayor desde la posición inicial que los fragmentos más grandes.

Tras la separación en la matriz de gel, los fragmentos de ADN se trasladan a membranas de nailon y se hibridan con una sonda de ARNr marcada con 16S o 23S. De esta forma, solo se visualizan y pueden analizarse los fragmentos que codifican dicho ARNr. [4] A continuación, el patrón se digitaliza y se utiliza para identificar el origen del ADN mediante una comparación con organismos de referencia en una base de datos informática. [1]

Conceptualmente, la ribotipificación es similar al sondeo de fragmentos de restricción de ADN cromosómico con sondas clonadas (sondas clonadas aleatoriamente o sondas derivadas de una secuencia codificante específica como la de un factor de virulencia ). [5]

Véase también

Referencias

  1. ^ abc Madigan, Michael T. (2012). Biología de los microorganismos . Pearson. pág. 491. ISBN 978-0-321-73551-5.
  2. ^ "Investigación de la diversidad microbiana: entonces y ahora". learn.genetics.utah.edu . Consultado el 15 de marzo de 2016 .
  3. ^ "Enzimas de restricción | ASU - Pregúntele a un biólogo". askabiologist.asu.edu . Consultado el 13 de marzo de 2016 .
  4. ^ "ribotipo". courses.cit.cornell.edu . Consultado el 13 de marzo de 2016 .
  5. ^ Grimont, F. y PA Grimont. 1986. Patrones de restricción de genes de ácido ribonucleico ribosómico como posibles herramientas taxonómicas. Ann. Inst. Pasteur Microbiol. 137B:165–175