El Instituto del Genoma McDonnell ( el Instituto del Genoma Elizabeth H. y James S. McDonnell III ) de la Universidad de Washington en St. Louis , Missouri , es uno de los tres centros de secuenciación a gran escala financiados por el NIH en los Estados Unidos . [1] Afiliado a la Facultad de Medicina de la Universidad de Washington y al Centro Oncológico Alvin J. Siteman , el Instituto del Genoma McDonnell está creando, probando e implementando nuevos enfoques para el estudio de la genómica con el objetivo de comprender la salud y la enfermedad humanas, así como la evolución y la biología de otros organismos.
Fundado en 1993, el Instituto del Genoma McDonnell, anteriormente el Centro de Secuenciación del Genoma y el Instituto del Genoma, comenzó como un actor clave en el Proyecto Genoma Humano , contribuyendo finalmente con más del 25 por ciento de la secuencia final. [2] Tras la finalización del borrador de trabajo del genoma humano en 2000, y la secuenciación del genoma humano terminada en 2003, el Instituto del Genoma McDonnell dedicó sus habilidades de secuenciación y análisis a determinar los genomas de muchos otros organismos con el fin de proporcionar las primeras secuencias de referencia para estas especies. [3] En 2014, los líderes cívicos y filántropos de larga data Elizabeth H. y James S. McDonnell III prometieron 25 millones de dólares al Instituto del Genoma, que pasó a llamarse Instituto del Genoma Elizabeth H. y James S. McDonnell III en la Universidad de Washington. [4]
El Instituto del Genoma McDonnell emplea a más de 300 profesores y miembros del personal a tiempo completo de diversas disciplinas. El personal principal incluye:
Jeffrey Milbrandt, MD, PhD: El Dr. Milbrandt es el Director Ejecutivo del Instituto del Genoma McDonnell.
Resecuenciación del Genoma Completo: El Grupo de Resecuenciación del Genoma Completo se centra en el desarrollo y la optimización de los procesos de recepción de muestras, producción, secuenciación y análisis de secuencias para la investigación genómica de enfermedades humanas, con especial énfasis en el cáncer.
Ensamblaje De Novo: El grupo de ensamblaje De Novo es responsable de tomar las piezas secuenciadas de los genomas de varias especies y unirlas de la forma más contigua y precisa posible.
Genómica Microbiana: El Grupo de Genómica Microbiana representa una gama de actividades que van desde la secuenciación de bacterias individuales hasta estudios de genómica poblacional de especies microbianas y el análisis de muestras metagenómicas complejas.
Resecuenciación dirigida: el grupo de resecuenciación dirigida secuencia regiones específicas de genomas utilizando varios métodos diferentes, incluida la PCR y técnicas de selección híbrida.
Transcriptomas: El Grupo de Transcriptomas trabaja en los diversos aspectos de la secuenciación y análisis de transcriptomas, basándose en la secuenciación de próxima generación de ARN.
El Instituto del Genoma McDonnell pone a disposición de la comunidad de investigadores todos los datos de secuencias, a la espera de un análisis de calidad adecuado. Algunos de estos datos son preliminares y están sujetos a omisiones y errores. Los datos también cambian en función de la disponibilidad de nuevos datos y versiones de ensamblaje.
Según la política de publicación de datos del NHGRI , todos los usuarios deben reconocer al McDonnell Genome Institute como la fuente de los datos. [5]
El Departamento de Extensión del Instituto del Genoma McDonnell se estableció en 2003 en respuesta al Plan de Acción para las Minorías del Instituto Nacional de Investigación del Genoma Humano . [6] Desde su creación, Outreach ha llevado a cabo actividades que sirven para educar a los estudiantes de K-12 y a la comunidad en general sobre la genómica y el papel que desempeña el Instituto del Genoma McDonnell en este campo. Outreach ha recibido a miles de patrocinadores a través de visitas guiadas, presentaciones, ferias científicas y varias visitas fuera de las instalaciones. El departamento estableció Oportunidades en la Investigación Genómica cuyo propósito es aumentar el número de minorías subrepresentadas que obtienen doctorados en el campo de la genómica/genética. Se han implementado dos programas bajo OGR, que brindan oportunidades de investigación para estudiantes universitarios (Undergraduate Scholars) y graduados universitarios recientes (Extensive Study).
El Instituto del Genoma McDonnell está ubicado en el campus de la Facultad de Medicina de la Universidad de Washington en St. Louis, Missouri, en el 4444 de Forest Park Avenue. Se puede acceder a él mediante Metrolink (estación Central West End).
El Instituto del Genoma McDonnell tiene un centro de datos independiente ubicado al otro lado de la calle, en el 222 de Newstead Avenue. El centro de datos, de 16.000 pies cuadrados y con un costo de 20 millones de dólares, fue construido con sistemas de energía y refrigeración totalmente redundantes capaces de albergar más de 100 bastidores de sistemas de computación y almacenamiento de alta densidad.
El centro de datos del Instituto del Genoma McDonnell es el primer edificio "verde" en el campus de la Facultad de Medicina y ha recibido el estatus de Liderazgo en Energía y Diseño Ambiental (LEED) Oro por parte del Consejo de Construcción Ecológica de EE . UU . [7] El centro de datos también alberga una sala de servidores heredada de 110 m 2 (1200 pies cuadrados ) equipada con pisos elevados, energía redundante y refrigeración.
38°38′13.7″N 90°15′24.8″O / 38.637139, -90.256889