El Gombak United se reincorporó a la S.League en 2006 y trasladó sus partidos de local al Jurong West Stadium , pero se retiró de la S.League nuevamente durante la temporada 2013 después de siete temporadas debido a la reducción de ingresos. A fines de 2017, el presidente John Yap solicitó a la Asociación de Fútbol de Singapur regresar a la Liga Premier de Singapur para la temporada 2019, pero la solicitud no tuvo éxito.
Ganadores de la Copa de la Liga de Singapur 2008
En su camino hacia la final de la Copa de la Liga, el Gombak United ha vencido al favorito para ganar la copa, el Home United, en cuartos de final y al Young Lions en semifinales. Se enfrentará al Korean Super Reds en la final, donde OJ Obatola marcó un gol en el minuto 90 para asegurar la victoria del club, su primer título en su historia.
Estaciones
En 2003 se introdujeron las tandas de penaltis en caso de empate en el tiempo reglamentario. Los ganadores de las tandas de penaltis obtenían dos puntos en lugar de uno.
El Gombak United estuvo fuera de la S.League desde 2003 hasta 2005, y por un segundo período a partir de 2013.