El club fue fundado en 1960 bajo el nombre de Bukhoro . En 1989 el club pasó a llamarse Nurafshon . Durante la temporada de 1990 el club jugó en la Segunda Liga Soviética, zona "Este", terminando en cuarta posición. Buxoro jugó su primera temporada en la Oliy League en 1992. La mejor actuación del club en la Oliy League fue el subcampeonato de la temporada 1994 después del Neftchi Farg'ona . FK Bukhoro jugó tres veces en semifinales de la Copa de Uzbekistán. En la semifinal de la Copa de 2005 el club perdió ante el Neftchi Farg'ona en dos partidos por 1-3 y en 2012 perdió ante Nasaf con un marcador de 3-5. Una vez finalizada la temporada 2013, el 10 de noviembre de 2013 Edgar Gess se convirtió en el nuevo entrenador en jefe de Bukhoro, reemplazando a Tachmurad Agamuradov en esta posición.
Cambios de nombre
1960–67: FC Bukhoro
1967–80: Fakel Bukhoro
1980–88: FC Bukhoro
1989–97: Nurafshon Buxoro
1997–2021: FK Buxoro
2021 (desde septiembre): Nurafshon Buxoro [2]
2022–: FK Buxoro [3]
Historia doméstica
^ 3 puntos deducidos por falta de pago de las tasas de participación
Plantilla actual
A partir del 22 de marzo de 2024 [4]
Nota: Las banderas indican la selección nacional según lo definido en las reglas de elegibilidad de la FIFA . Los jugadores pueden tener más de una nacionalidad no perteneciente a la FIFA.