El Campeonato del Mundo Júnior FIM CEV Moto3 2016 fue la quinta temporada del CEV Moto3 y la tercera bajo el estandarte de la FIM . La temporada se celebró en 12 carreras en 8 encuentros, comenzando el 17 de abril en Valencia y terminando el 20 de noviembre en el mismo lugar.
Se otorgan puntos a los quince primeros clasificados. El corredor debe terminar la carrera para ganar puntos.