El dominio de homología K (KH) es un dominio proteico que se identificó por primera vez en la ribonucleoproteína nuclear heterogénea humana (hnRNP) K . Una secuencia conservada evolutivamente de alrededor de 70 aminoácidos, el dominio KH está presente en una amplia variedad de proteínas de unión a ácidos nucleicos. El dominio KH se une al ARN y puede funcionar en el reconocimiento del ARN. [1] Se encuentra en múltiples copias en varias proteínas, donde pueden funcionar de forma cooperativa o independiente. Por ejemplo, en la proteína de unión al ARN del elemento rico en AU KSRP, que tiene 4 dominios KH, los dominios KH 3 y 4 se comportan como módulos de unión independientes para interactuar con diferentes regiones de los objetivos de ARN ricos en AU. [1] La estructura de la solución del primer dominio KH de FMR1 y del dominio KH C-terminal de hnRNP K determinada por resonancia magnética nuclear (RMN) reveló una estructura beta-alfa-alfa-beta-beta-alfa. [2] [3] Los autoanticuerpos contra NOVA1 , una proteína del dominio KH, causan ataxia opsoclonal paraneoplásica. El dominio KH se encuentra en el extremo N de la proteína ribosómica S3 . Este dominio es inusual porque tiene un pliegue diferente al del dominio KH normal. [4]
Los dominios KH se unen al ARN o al ADN monocatenario . El ácido nucleico se une en una conformación extendida a lo largo de un lado del dominio. La unión se produce en una hendidura formada entre la hélice alfa 1, la hélice alfa 2, el bucle GXXG (que contiene un motivo de secuencia altamente conservado ) y el bucle variable. [5] La hendidura de unión es de naturaleza hidrófoba con una variedad de interacciones específicas de proteínas adicionales para estabilizar el complejo. Valverde y sus colegas señalan que "las interacciones de apilamiento de cadena lateral aromática de proteína a base de ácido nucleico que prevalecen en otros tipos de motivos de unión de ácidos nucleicos monocatenarios, están notablemente ausentes en el reconocimiento de ácidos nucleicos del dominio KH". [5]
Estructuralmente, existen dos tipos diferentes de dominios KH identificados por Grishin, que se denominan tipo I y tipo II. [4] Los dominios de tipo I se encuentran principalmente en proteínas eucariotas, mientras que los dominios de tipo II se encuentran predominantemente en procariotas. Si bien ambos tipos comparten un motivo de secuencia de consenso mínimo, tienen diferentes pliegues estructurales. Los dominios KH de tipo I tienen una lámina beta de tres cadenas donde las tres cadenas son antiparalelas. En el dominio de tipo II, dos de las tres cadenas beta están en una orientación paralela. Si bien los dominios de tipo I generalmente se encuentran en múltiples copias dentro de las proteínas, los de tipo II generalmente se encuentran en una sola copia por proteína. [5]
AKAP1 ; ANKHD1 ; ANKRD17 ; ASCC1 ; BICC1; DDX43 ; DDX53 ; DPPA5; ERAL1; RMF1 ; FUBP1 ; FUBP3; FXR1 ; FXR2 ; GLD1; HDLBP ; HNRPK ; IGF2BP1 ; IGF2BP2 ; IGF2BP3 ; KHDRBS1 ; KHDRBS2; KHDRBS3 ; KHSRP ; KRR1 ; MEX3A; MEX3B ; MEX3C; MEX3D ; NOVA1 ; NOVA2 ; PCBP1 ; PCBP2 ; PCBP3 ; PCBP4 ; PNO1 ; PNPT1; QKI ; SF1 ; TDRKH ;