El Torneo de Boxeo de los Juegos Panafricanos de 1999 se celebró en Johannesburgo, Sudáfrica, del 10 al 18 de septiembre. Sirvió como torneo clasificatorio para los Juegos Olímpicos de Verano de 2000 en Sídney, Australia . Los números uno y dos obtuvieron un boleto para el torneo olímpico.