Manta fue fundado en 1998 después de la compra de los derechos de franquicia del extinto Manta Sport . De 1999 a 2001, el club compitió en la Segunda Categoría , el tercer nivel del sistema de liga de fútbol ecuatoriano antes de ascender en 2002 a la Serie A. Manta ganó el ascenso nuevamente en 2003 a la Serie A por primera vez, pero terminó mal y descendió a la Serie B, donde pasaría las siguientes 6 temporadas. En 2009, el club regresó a la Serie A, pero no obtuvo títulos y descendió nuevamente en 2014.
Ascendieron a la Serie A ecuatoriana en 2020 y jugarán en la primera división después de una ausencia de 7 años.
Nota: Las banderas indican la selección nacional según lo definido en las reglas de elegibilidad de la FIFA . Los jugadores pueden tener más de una nacionalidad no perteneciente a la FIFA.
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Fabián Bustos (14 julio 2009 – 15 diciembre 2010) Gabriel Perrone (15 de diciembre de 2010 – 3 de mayo de 2011)
Armando Osma (30 agosto 2011 – 13 diciembre 2012)
Edwin Cózar (15 de diciembre de 2012 – 30 de junio de 2013) Fabián Bustos (2 de julio de 2013 – 31 de diciembre de 2013) Juan Manuel Llop (1 de enero de 2014 - 1 de agosto de 2014) Jorge Alfonso (1 de agosto de 2014 – 1 de enero de 2015)Jefferson Huerta (1 de enero de 2015–)