Polimorfismo de conformación de cadena sencilla

Un gel de polimorfismo de conformación de una sola cadena donde el ADN se tiñó con tinción de plata.

El polimorfismo de conformación de cadena sencilla ( SSCP ), o polimorfismo de cadena simple , se define como una diferencia conformacional de secuencias de nucleótidos monocatenarios de longitud idéntica inducida por diferencias en las secuencias bajo ciertas condiciones experimentales. Esta propiedad permite distinguir las secuencias mediante electroforesis en gel , que separa los fragmentos según sus diferentes conformaciones. ^[1]

Antecedentes físicos

Un cambio de un solo nucleótido en una secuencia particular, como se observa en un ADN de doble cadena, no se puede distinguir mediante técnicas de electroforesis en gel, lo que se puede atribuir al hecho de que las propiedades físicas de las cadenas dobles son casi idénticas para ambos alelos. Después de la desnaturalización, el ADN de cadena sencilla experimenta un plegamiento tridimensional característico y puede asumir un estado conformacional único basado en su secuencia de ADN. La diferencia de forma entre dos cadenas de ADN de cadena sencilla con diferentes secuencias puede hacer que migren de manera diferente a través de un gel de electroforesis, aunque el número de nucleótidos sea el mismo, lo que es, de hecho, una aplicación de SSCP.

Aplicaciones en biología molecular

La SSCP solía ser una forma de descubrir nuevos polimorfismos de ADN aparte de la secuenciación de ADN, pero ahora está siendo suplantada por técnicas de secuenciación debido a su eficiencia y precisión. ^[2] En la actualidad, la SSCP es más aplicable como herramienta de diagnóstico en biología molecular. Se puede utilizar en la genotipificación para detectar individuos homocigotos de diferentes estados alélicos, así como individuos heterocigotos que deberían mostrar patrones distintos en un experimento de electroforesis. ^[3] La SSCP también se utiliza ampliamente en virología para detectar variaciones en diferentes cepas de un virus, con la idea de que una partícula de virus particular presente en ambas cepas habrá sufrido cambios debido a la mutación, y que estos cambios harán que las dos partículas asuman conformaciones diferentes y, por lo tanto, sean diferenciables en un gel SSCP. ^[4]

Referencias

1. Masato Orita; Hiroyuki Iwahana; Hiroshi Knazawa; Kenshi Hayashi; Takato Sekiya (1989). "Detección de los polimorfismos del ADN humano mediante electroforesis en gel como polimorfismos de conformación de cadena sencilla". Proc. Natl. Sci. EE. UU. . 86 (8): 2766–2770. Bibcode :1989PNAS...86.2766O. doi : 10.1073/pnas.86.8.2766 . PMC  286999 . PMID  2565038.
2. Tahira, T.; Kukita, Y.; Higasa, K.; Okazaki, Y.; Yoshinaga, A.; Hayashi, K. (2009). Estimación de frecuencias de alelos de SNP mediante análisis SSCP de ADN agrupado . Métodos en biología molecular. Vol. 578. págs. 193–207. doi :10.1007/978-1-60327-411-1_12. ISBN. 978-1-60327-410-4. Número de identificación personal  19768595.
3. Michiei Oto; Satoshi Miyake; Yasuhito Yuasa (1993). "Optimización del análisis del polimorfismo de conformación monocatenaria no radioisotópico con un aparato de electroforesis en gel Minislab convencional". Analytical Biochemistry . 213 (1): 19–22. doi :10.1006/abio.1993.1379. PMID  8238876.
4. Karen Sumire Kubo; RM Stuart; J. Freitas-Astúa1; R. Antonioli-Luizon; EC Locali-Fabris; HD Coletta-Filho1; MA Machado; EW Kitajima (21 de mayo de 2009). "Evaluación de la variabilidad genética del virus de la mancha de orquídea mediante análisis de polimorfismo conformacional de cadena sencilla y secuenciación de nucleótidos de un fragmento del gen de la nucleocápside". Archivos de Virología . 154 (6). División de Virología de la Unión Internacional de Sociedades de Microbiología: 1009–14. doi :10.1007/s00705-009-0395-8. PMID  19458901. S2CID  27491943.{{cite journal}}: CS1 maint: nombres numéricos: lista de autores ( enlace )