Esquema de numeración química
El número de la Comisión de Enzimas ( número CE ) es un esquema de clasificación numérica de enzimas , basado en las reacciones químicas que catalizan . [1] Como sistema de nomenclatura enzimática , cada número CE está asociado con un nombre recomendado para la reacción catalizada por enzima correspondiente.
Los números CE no especifican enzimas sino reacciones catalizadas por enzimas. Si diferentes enzimas (por ejemplo, de diferentes organismos) catalizan la misma reacción, reciben el mismo número CE. [2] Además, a través de la evolución convergente , pliegues de proteínas completamente diferentes pueden catalizar una reacción idéntica (a veces se les llama enzimas isofuncionales no homólogas ) [3] y, por lo tanto, se les asignaría el mismo número EC. Por el contrario, los identificadores UniProt especifican de forma única una proteína por su secuencia de aminoácidos. [4]
formato de numero
Cada código de enzima consta de las letras "EC" seguidas de cuatro números separados por puntos. Esos números representan una clasificación progresivamente más fina de la enzima. Los números EC preliminares existen y tienen una 'n' como parte del cuarto dígito (de serie) (por ejemplo, EC 3.5.1.n3). [2]
Por ejemplo, las tripéptido aminopeptidasas tienen el código "EC 3.4.11.4", cuyos componentes indican los siguientes grupos de enzimas:
- Las enzimas EC 3 son hidrolasas (enzimas que utilizan agua para romper alguna otra molécula)
- EC 3.4 son hidrolasas que actúan sobre enlaces peptídicos.
- EC 3.4.11 son aquellas hidrolasas que escinden el aminoácido amino terminal de un polipéptido.
- EC 3.4.11.4 son aquellos que escinden el extremo amino terminal de un tripéptido
Códigos de nivel superior
NB: El número de clasificación de la enzima es diferente del 'NÚMERO DE FORMATO'
Similitud de reacción
La similitud entre reacciones enzimáticas se puede calcular utilizando cambios de enlace, centros de reacción o métricas de subestructura (anteriormente EC-BLAST], ahora EMBL-EBI Enzyme Portal). [6]
Historia
Antes del desarrollo del sistema numérico EC, las enzimas se nombraban de forma arbitraria, y nombres como antigua enzima amarilla y enzima málica , que dan poca o ninguna pista sobre qué reacción fue catalizada, eran de uso común. La mayoría de estos nombres han caído en desuso, aunque algunos, especialmente enzimas proteolíticas con muy baja especificidad, como pepsina y papaína , todavía se utilizan, ya que la clasificación racional sobre la base de la especificidad ha sido muy difícil.
En la década de 1950 el caos se estaba volviendo intolerable, y después de que Hoffman-Ostenhof [7] y Dixon y Webb [8] propusieran esquemas algo similares para clasificar reacciones catalizadas por enzimas, el Congreso Internacional de Bioquímica en Bruselas creó la Comisión de Enzimas bajo el mando de la presidencia de Malcolm Dixon en 1955. La primera versión se publicó en 1961 y la Comisión de Enzimas se disolvió en ese momento, aunque su nombre perdura en el término Número CE . La sexta edición actual, publicada por la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular en 1992 como última versión publicada como libro impreso, contiene 3196 enzimas diferentes. Los suplementos 1 a 4 se publicaron entre 1993 y 1999. Los suplementos posteriores se publicaron electrónicamente en el sitio web del Comité de Nomenclatura de la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular. [5] En agosto de 2018, la IUBMB modificó el sistema agregando la categoría EC 7 de nivel superior que contiene translocasas. [9]
Ver también
Referencias
- ^ Webb, CE (1992). Nomenclatura de enzimas 1992: recomendaciones del Comité de Nomenclatura de la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular sobre la nomenclatura y clasificación de enzimas . Prensa académica. ISBN 978-0-12-227164-9.
- ^ ab "ENZIMA (base de datos de nomenclatura de enzimas)". ExPASy. Archivado desde el original el 21 de marzo de 2019 . Consultado el 24 de abril de 2019 .
- ^ Omelchenko MV, Galperin MY, Wolf YI, Koonin EV (2010). "Enzimas isofuncionales no homólogas: un análisis sistemático de soluciones alternativas en la evolución enzimática". Biología Directa . 5 (1): 31. doi : 10.1186/1745-6150-5-31 . PMC 2876114 . PMID 20433725.
- ^ Apweiler R, Bairoch A, Wu CH, Barker WC, Boeckmann B, Ferro S, Gasteiger E, Huang H, Lopez R, Magrane M, Martin MJ, Natale DA, O'Donovan C, Redaschi N, Yeh LS (enero de 2004) ). "UniProt: la base de conocimientos de proteínas universales". Investigación de ácidos nucleicos . 32 (Problema de la base de datos): D115–9. doi : 10.1093/nar/gkh131. PMC 308865 . PMID 14681372.
- ^ ab Moss GP. "Recomendaciones del Comité de Nomenclatura". Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular sobre la nomenclatura y clasificación de enzimas según las reacciones que catalizan. Archivado desde el original el 10 de septiembre de 2018 . Consultado el 14 de marzo de 2006 .
- ^ Rahman SA, Cuesta SM, Furnham N, Holliday GL, Thornton JM (febrero de 2014). "EC-BLAST: una herramienta para buscar y comparar automáticamente reacciones enzimáticas". Métodos de la naturaleza . 11 (2): 171-174. doi :10.1038/nmeth.2803. PMC 4122987 . PMID 24412978.
- ^ Hoffman-Ostenhof, O (1953). "Sugerencias para una clasificación y nomenclatura de enzimas más racional". Avances en Enzimología y Temas Afines de Bioquímica . 14 : 219–260. doi :10.1002/9780470122594.ch7. ISBN 9780470122594. PMID 13057718.
- ^ Dixon, M; Webb, CE (1958). Enzimas . Londres: Longmans Green. págs. 183–227.
- ^ Tipton, Keith (agosto de 2018). "Noticias de nomenclatura de enzimas: translocasas (EC 7): una nueva clase de EC". ExplorEnz: la fuente principal de la lista de enzimas del IUBMB. Archivado desde el original el 10 de septiembre de 2018 . Consultado el 3 de noviembre de 2018 .
Enlaces externos
Wikidata tiene la propiedad:
- Número de enzima CE (P591) (ver usos )
- Nomenclatura de enzimas, sitio web autorizado del Comité de Nomenclatura de la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular, mantenido por GP Moss
- Base de datos de nomenclatura de enzimas - por ExPASy
- Lista de todos los números CE — por BRENDA
- Explorar estructuras PDB por número CE
- Explorar dominios SCOP por número EC, por dcGO
- Compare números EC usando EC-Blast Archivado el 30 de mayo de 2019 en Wayback Machine.