La temporada de 1959 de los San Francisco 49ers fue la décima temporada del equipo en la NFL , su decimotercera en total y la primera con el entrenador en jefe Red Hickey .
Tras un récord de 6-6-0 en 1956, intentaban mejorar su récord y clasificarse para los playoffs. Sin embargo, terminaron la temporada sin clasificarse para los playoffs. Después de comenzar la temporada con un récord de 6-1, perdieron 4 de sus últimos 5 partidos y terminaron con un récord de 7-5, quedando fuera de los playoffs por segundo año consecutivo.
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