La llamada de bases es el proceso de asignar nucleobases a picos de cromatograma , señales de intensidad de luz o cambios de corriente eléctrica resultantes del paso de nucleótidos a través de un nanoporo . Un programa informático para realizar este trabajo es Phred , que es un programa de software de llamada de bases ampliamente utilizado por laboratorios de secuenciación de ADN tanto académicos como comerciales debido a su alta precisión de llamada de bases. [1]
Los llamadores de bases para la secuenciación de Nanopore utilizan redes neuronales entrenadas con señales actuales obtenidas a partir de datos de secuenciación precisos. [2]
Las llamadas base se pueden evaluar mediante dos métricas: precisión de lectura y precisión de consenso. La precisión de lectura se refiere a la precisión de la base llamada con respecto a una referencia conocida. La precisión del consenso se refiere a la precisión con la que se compara una secuencia de consenso con lecturas superpuestas del mismo locus genético . [2]