La topología de las proteínas es una propiedad de las moléculas de proteínas que no cambia bajo la deformación (sin cortar o romper un enlace).
Se han desarrollado y aplicado dos marcos topológicos principales a las moléculas de proteínas.
Teoría de nudos que clasifica los enredos de la cadena. El uso de la teoría de nudos se limita a un pequeño porcentaje de proteínas, ya que la mayoría de ellas no están anudadas.
La topología de circuitos clasifica los contactos intracadena en función de sus disposiciones. La topología de circuitos es un factor determinante de la cinética de plegamiento de proteínas [1] y de su estabilidad. [2]
En la literatura de biología, el término topología también se utiliza para referirse a la orientación mutua de estructuras secundarias regulares , como las hélices alfa y las cadenas beta en la estructura de las proteínas [3] [1]. Por ejemplo, dos hélices alfa o cadenas beta adyacentes que interactúan pueden ir en la misma dirección o en direcciones opuestas. PDBsum proporciona diagramas de topología de diferentes proteínas con estructura tridimensional conocida (un ejemplo).